派森诺水产项目文章 | Aquaculture Reports|生长（杂交）|基因组和转录组揭示大口黑鲈杂种优势的分子机制

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中国水产科学研究院淡水渔业研究中心强俊团队最新发表于Aquaculture Reports（IF=3.7，JCR Q1）的研究揭示：美国原生大口黑鲈与中国江苏养殖群体的“跨国联姻”，不仅培育出了生长性能更优的杂交后代，更从基因组和转录组层面，首次系统解析了杂种优势的分子密码。

英文标题：Genomic and transcriptomic analyses reveal the molecular mechanism of heterosis in hybrid largemouth bass (Micropterus salmoides)

中文标题：基因组和转录组分析揭示杂交大口黑鲈杂种优势的分子机制

发表期刊：Aquaculture Reports

影响因子：3.7，JCR Q1，中科院渔业TOP

合作单位：中国水产科学研究院淡水渔业研究中心

通讯作者：强俊

实验设计

本研究选用美国大口黑鲈（NN）与中国江苏养殖大口黑鲈（CC）为亲本，共产生了四个后代种群： NC（养殖群体♀× 美国群体♂）、CN（美国群体♀× 养殖群体♂），以及两个纯种对照组 NN 和 CC。每组设置 3 个网箱，每个网箱 60 尾重复，进行180 天的标准化养殖。每个笼子随机抽取8条鱼（每组24条），采集其尾鳍组织。每个笼子随机抽取4条（每组12条）采集肝组织。

杂交设计

样本类型：尾鳍、肝脏

组学技术：尾鳍全基因组重测序、肝脏转录组测序

其他实验：表型测量、实时荧光定量 PCR（qRT-PCR）

文章亮点

• 在杂交种中高表达的基因提升了生理代谢能力

• 杂交大口黑鲈由两个地理隔离的群体繁育而来。

• 杂交群体的生长性能优于亲本。

• 杂交群体的遗传多样性有所提高。

• 受到强选择压力的基因对杂种优势有贡献。

研究背景

大口黑鲈原产于北美淡水生态系统，1970 年代引入中国后已成为国内重要的水产养殖品种。但随着高密度集约化养殖的推广和多代人工繁育，养殖群体出现了严重的遗传多样性衰退，导致生长性能下降、抗病力减弱等问题，其生长率和存活率已显著低于野生群体。杂交育种是水产动物种质改良的常用手段，杂交后代易产生杂种优势，但目前大口黑鲈杂种优势的分子遗传机制尚不明确。本研究通过美国原生种群与中国养殖种群的正反杂交，结合基因组和转录组多组学技术，系统解析生长杂种优势的形成机制，为大口黑鲈的杂交育种和种质资源优化提供理论基础。

技术路线

研究结果

1. 生长性能与杂种优势表型

杂交组 NC 和 CN 表现出显著的生长杂种优势，其终末体重、增重率和特定生长率均显著高于纯种 CC 组，与 NN 组无统计学差异（表 1）；体重杂种优势率分别达到 8.43% 和 7.56%，其中 NC 组生长性能最优。存活率分析显示，NC 组存活率显著高于其他三个组，NN 组存活率略高于 CN 和 CC 组但差异不显著。

表1 杂交组与纯种组的生长性能

2. 群体遗传多样性特征

全基因组重测序共鉴定出 324,858 个高质量 SNP 位点，其中 183,385 个为碱基转换、141,473 个为碱基颠换；遗传多样性分析显示杂交组的观测杂合度（Ho）、期望杂合度（He）和核苷酸多样性（π）均显著高于两个纯种群体，NC 组各项指标最高（表 2），且所有群体的观测杂合度均略高于期望杂合度，表明群体未出现明显的近交衰退现象。

表2. 基于 SNP 位点信息的大口黑鲈遗传多样性指数

3. 群体遗传结构与分化分析

群体结构分析中，PCA 分析显示四个群体样本各自聚类，纯种间遗传分化显著，杂交组介于两者之间（图 1A）；系统发育树显示 NN 和 CC 各自形成独立单系支，NC 和 CN 混合聚类（图 1B）；遗传分化指数 FST 分析显示，两个纯种间 FST 值最高，两个杂交组间 FST 值最低（图 1C）；ADMIXTURE 分析显示最优 K 值为 3，杂交组同时携带 NN 和 CC 的遗传成分，呈现典型的混合遗传特征（图 1D）；LD 衰减分析显示 CC 组连锁不平衡程度最高，说明其遗传关联性更强、近交程度更高（图 1E）。

图1. 杂交组与纯繁组的群体结构分析

4. 基因组选择清除分析

NC 与 NN 比较鉴定出 142 个选择清除区域，含 68 个候选基因，富集于氧化磷酸化、逆行内源性大麻素信号通路（图 2A）；NC 与 CC 比较鉴定出 67 个选择清除区域，含 39 个候选基因，富集于钙信号通路、非同源末端连接（图 2B）；CN 与 NN 比较鉴定出 84 个选择清除区域，含 38 个候选基因，富集于磷脂酶 D 信号通路、糖胺聚糖生物合成（图 2C）；CN 与 CC 比较鉴定出 53 个选择清除区域，含 36 个候选基因，富集于氧化磷酸化、神经退行性疾病通路（图 2D）； NC 组共同候选基因为 cep135、cracd、slc25a11，CN 组共同候选基因为 cacna1bb、cep85l、cfap206。

图2. 基因组选择清除分析

5. 肝脏转录组差异表达与基因遗传模式

NC 与 CC 比较有 4089 个 DEGs，CN 与 CC 比较有 3401 个 DEGs，两组共有 2505 个 DEGs，而 NC 与 NN 比较仅有 1048 个 DEGs，CN 与 NN 比较仅有 672 个 DEGs（图 3B-C）；这些 DEGs 在各组中均显著富集于内质网蛋白加工、乙醛酸和二羧酸代谢、真核生物核糖体生物合成等通路（图 3E）；基因遗传模式分析显示，杂交组中绝大多数 DEGs 呈现显性表达模式，NC 组有 4013 个、CN 组有 3713 个基因为显性表达，同时 NC 组有 544 个、CN 组有 180 个基因为超显性表达（图 3D）。

图3. 杂交组与纯种组的肝脏转录组图谱分析

6. 超显性表达基因的功能富集分析

对超显性表达基因进行功能富集分析发现，NC 组超显性基因显著富集于核苷酸糖生物合成、丙氨酸-天冬氨酸-谷氨酸代谢、氨基糖和核苷酸糖代谢等多种物质合成与代谢通路（图 4A）；CN 组超显性基因仅显著富集于三羧酸循环通路（图 4B）。

图4. 超显性表达基因的功能富集分析

7. 关键候选基因的筛选与验证

整合选择清除分析与转录组数据，最终筛选出 11 个在杂交组与纯种组间表达差异显著且受强选择的关键基因，包括 rnf169、slc25a11、gck、hm13、cdk2ap2、exosc7、gnsb、ifi35、lipg、rundc1 和 fus；转录组热图显示 lipg 在 NC 组中表达显著高于其他组，其余 10 个基因在 CC 组中表达显著升高（图 5A）；qRT-PCR 验证结果与转录组测序的表达趋势完全一致，证实了测序结果的可靠性（图 5B）；功能富集分析显示这些关键基因显著富集于新霉素 / 卡那霉素 / 庆大霉素生物合成、糖胺聚糖降解、甘油磷脂代谢等生理代谢通路（图 5C）。

图5. 经选择特征分析筛选，杂交群体受选择压力区域内基因的表达及 KEGG 功能分析

总结

本研究中，杂交群体在生长性能方面表现出杂种优势。与纯种群体相比，杂交群体的遗传多样性显著提高。杂交群体中的许多差异表达基因呈现出非加性遗传模式，表明这些基因参与了杂种优势的形成。选择信号分析和转录组数据显示，受强选择压力的基因以及杂交群体中的大量差异表达基因，显著富集于与氨基酸代谢、脂质代谢和碳水化合物代谢相关的生理代谢通路，因此这些基因被鉴定为促成杂交种优良生长性能的关键基因。内质网蛋白加工通路的富集提示杂交群体的免疫功能得到了增强。综上，本研究开展的杂交育种培育出了遗传多样性更高、生长性能更优且非特异性免疫功能可能更强的大口黑鲈群体。

供稿  | 多组学产品部

编辑  | 市场部