Cos distintos nomes de Estunega, Buztunica, Estuniga, Stunica, Estúñiga, Stúñiga, formou parte ata 1200 da terra de Campezo. Sancho Iñiguez, Señor do Estado e Val de Estunega (en éuscaro significa Estune, estreito, e Ega é o nome do río que pasa polo lugar), Arminguero do rei de Navarra e Aragón Sancho V Ramirez, e sexto neto do rei de Navarra Fortún Garcús "o Monxe", comezou polo 1080 a chamarse Sancho Iñiguez de Stunica.
A raíz da guerra civil que estalou en Navarra en 1274 e durou ata o 1277, debido á querela pola titoría da raíña nena Xoana I e ao seu compromiso matrimonial con Filipe IV de Francia "o Fermoso". Isto significaba a incorporación de Navarra á Coroa de Francia, polo que abandona Navarra Iñigo Ortiz de Stunica, Rico-home, Alférez Maior de Navarra, señor de Stunica, e outros lugares, quinto neto do rei de Navarra García V Ramírez "o Restaurador" e establécese na Rioxa, Castela. Zúñiga é nomeada vila de reguengo e incorporada en 1278 á Coroa de Navarra.
Despois de asinar o tratado de amizade e axuda entre os reis de Castela Henrique III "O Doente" e de Navarra Carlos III "o Bo", que se asinou o 21 de xuño de 1394, o rei Carlos III restituíu a Diego López de Estúñiga, Xustiza Maior de Castela e do Consello do Rei, o 31 de xullo de 1394 o señorío de Estúñiga (o seu solar) e o señorío de Mendavia en recompensa. Desde 1430 ata 1450 o señorío pasou a Carlos e Luis de Beaumont, obtendo a condición de boa vila con asento nas Cortes do reino en 1482.
Álvaro de Stunica y Guzmán, duque I de Béjar e Plasencia, parente maior da Casa de Stunica / Estúñiga, castelanizou o apelido en Zúñiga, logo do pacto de reconciliación coa raíña Isabel I "a Católica", asinado en 1476. Desde entón empregouse o nome de Zúñiga por persoas e cidades dos Reinos de España.
