利用openbabel移除重复的分子

本文介绍了一种利用Babel工具来识别并去除两个文档中重复分子的方法。通过整合两个文档为一个,并应用Babel的独特功能,可以有效地找出并标记重复的分子。此过程对于化学研究和药物开发中的分子数据管理至关重要。

有时候要比较两个不同的文档中的分子,发现有无重复的分子,可以利用babel。

我们可以把两个文档整合为一个文档,利用babel 发现两个文档中的重复分子。
详细内容可参考:https://openbabel.org/docs/dev/Command-line_tools/babel.html#remove-duplicate-molecules

具体操作:
babel infile.xxx -onul --unique #这里xxx 为文件格式

发现重复的分子,输出为
Removed xxx1 - a duplicate of xxx2 (#1)
xxx1与xxx2相似,#1 为发现的第几个分子

「LLM那些事」系列第 4 篇《上下文窗口的边界》,文章连接:https://blog.csdn.net/houwenjin/article/details/163999753。 演示什么:在「预测」Sheet 的黄色格子里输入一句话(默认「来泡一杯」),四个「模型」——分别只统计最后 1 / 2 / 3 / 4 个字的 n-gram 查表——同时预测下一个字。同一个输入,看的上下文越长,候选越少、预测越确定: ┌────────────────┬──────────┬───────────────┬──────┐ │ 只看最后几个字 │ 用的前缀 │ 候选下一字数 │ 预测 │ ├────────────────┼──────────┼───────────────┼──────┤ │ 1 个 │ 杯 │ 3(茶/子/水) │ 模糊 │ ├────────────────┼──────────┼───────────────┼──────┤ │ 2 个 │ 一杯 │ 2(茶/水) │ 收窄 │ ├────────────────┼──────────┼───────────────┼──────┤ │ 3 个 │ 泡一杯 │ 1(茶) │ 确定 │ ├────────────────┼──────────┼───────────────┼──────┤ │ 4 个 │ 来泡一杯 │ 1(茶) │ 确定 │ └────────────────┴──────────┴───────────────┴──────┘
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