化学结构式检索obabel

1、mol文件追加到检索库sdf

2、生成索引文件fs

babel default1.sdf -ofs

3、精确检索

Smiles;inchi;

两个格式结果等同，但Smiles效率应该略高，采用的索引。

Smiles:

Babel search.mol -osmi

obabel default1.fs -O out.svg  -s c1c(ccc(c1)[N+](=O)[O-])N exact

3个结果。

Ex:

babel "G:\default1\default1.sdf" -s "G:\default1\search.mol exact"  -O out.svg

32个结果，非精确，应该属于高度相似匹配了。

Inchi

Babel search.mol -oinchi

Babel default1.sdf --filter \"inchi\" -ofpt

结果3个；

4、模糊检索

Babel default1.fs -s search.mol -at 0.7 -ofpt

at >1,取匹配得前几项；

obabel default1.fs -O out.svg  -s search.mol -at 4

at <1 ,取相似度以内的数据；

obabel default1.fs -O out.svg  -s search.mol -at 0.8

5、子结构检索

Smiles

生成smi库

babel default1.sdf -O default1.smi

检索项转化成smi

Babel search.mol -osmi

检索：

obgrep -n  "c1c(ccc(c1)[N+](=O)[O-])N" default1.smi