空间蛋白组学补足空间转录组局限——基于Nature乳腺图谱

空间转录组技术现存科研短板

空间转录组技术可以定位组织切片内部基因的空间表达模式，挖掘不同组织区域之间转录水平的差异。但实际科研工作当中经常会遇到现实难题：即便检测到某一区域特定基因表达上调，依旧无法判定该信号来源于哪一类细胞；也不能确认对应蛋白是否在目标细胞真实表达，同时难以解析细胞和周边细胞的空间互作格局。 2023 年《Nature》刊发的人类乳腺细胞图谱（HBCA）研究，针对上述痛点给出了可供借鉴的研究实例。该项目由 Kai Kessenbrock 团队联合 Nicholas Navin 团队共同完成，整合单细胞测序、空间转录组、超多重蛋白成像多项技术，搭建目前规模最大的人类正常乳腺组织细胞图谱。

研究一共收集 126 位女性的乳腺组织标本，完成超 71 万个细胞的转录组测定。在此基础上，借助 10x Visium 空间转录组、CODEX（PCF 平台）组织原位空间蛋白组学技术，系统性解析乳腺组织的空间构造。

空间转录组得到的乳腺组织转录特征

通过空间转录组解析，科研人员发现乳腺导管区域和小叶 / 终末导管小叶单位（TDLU）存在显著转录组区别。导管区域富集分泌型腔细胞 LumSec 相关基因，代表基因包含 KRT17、LTF、KRT23；小叶区域高表达激素反应型腔细胞 LumHR 相关基因，例如 ESR1、PGR。 该结果提示，即便属于同一种上皮细胞，分布在乳腺不同解剖位置，细胞功能状态也会出现明显分化。

PCF 空间蛋白组弥补转录组数据的固有缺陷

受技术原理限制，空间转录组每个检测 spot 直径约 55μm，单个位点会混合 135 个细胞的信号。仅依靠这套数据，无法证实转录层面的差异能否体现在蛋白分子上，也无法溯源基因信号对应的细胞类型，这正是 PCF 超多重蛋白成像技术的应用场景。

研究人员使用包含 34 个抗体的 CODEX 检测组合，在单细胞分辨率下对同一份组织开展原位蛋白检测。检测结果证实，导管区域 KRT5、KRT14 蛋白表达量高于小叶组织，导管结构内部大量聚集 KRT5/KRT19 双阳性细胞。单细胞测序已经把这类细胞定义为 LumSecbasal 细胞状态，而 PCF 平台直接在组织原位证实该细胞状态的空间分布特征。

多技术联合的课题设计思路

该研究的实验方案证明，单细胞分辨率的组织原位空间蛋白组搭配空间转录组，可以把研究层次从 “基因在哪个位置表达” 推进到多维度解析：蛋白是否真实合成、由哪类细胞产生、细胞当前功能状态、细胞之间的空间毗邻关系。

针对设计空间组学相关课题的科研人员，HBCA 提供了成熟的研究参考框架：优先利用空间转录组筛选候选组织区域与表达特征，之后借助 PCF 平台从蛋白层面解析关键标志物、细胞状态以及细胞邻域。两种技术不属于重复检测，分别从转录、蛋白两个维度拓展组织微环境的研究线索。

免责说明：本文仅为科研技术方法介绍，不涉及疾病诊断、治疗建议、疗效预测、用药指导或临床决策。文中提及的研究发现均来自学术文献，相关分析结果需结合更多实验和研究进一步验证，不构成任何医疗意见。

参考文献：Kumar T, Nee K, Wei R, et al. A spatially resolved singlecell genomic atlas of the adult human breast. Nature, 2023.