PCF 空间单细胞蛋白组解析肿瘤亚克隆空间功能异质性

一、空间转录组存在解析局限，蛋白检测是必要补充

各类肿瘤组织切片开展空间转录组测序后，能直观看到不同组织区域基因转录水平存在明显分化，但仅依靠 mRNA 层面数据，无法明确区域内细胞真实功能状态、蛋白表达丰度，也难以厘清各类细胞的空间相邻作用关系，必须借助原位蛋白检测技术补足分析维度。 2024 年 10 月《Nature》刊发课题《Tumour evolution and microenvironment interactions in 2D and 3D space》，研究团队累计分析 131 份肿瘤组织切片，系统梳理二维、三维尺度下肿瘤微区域的组织排布规律，填补了单一转录组技术的分析短板。

二、多组学联合实验设计与核心检测指标

本次研究搭建多技术联合分析体系：采用 Visium 平台完成空间转录组测序、单细胞核 RNA 测序（snRNA-seq）解析细胞转录特征；筛选 22 份配对组织切片，运用 PCF（原 CODEX）空间单细胞蛋白组平台开展原位检测，一次性量化 48 种蛋白标志物的组织表达情况。 数据证实，不同癌种对应的肿瘤微区域，在组织体积、细胞密度、基因组遗传变异层面均存在显著区分度。转移病灶内肿瘤微区域平均细胞堆叠层数达 3.4 层，原发灶仅 1.9 层，证明原发肿瘤与转移肿瘤细胞的增殖、空间排布模式存在本质差异。

三、PCF 单细胞成像可视化免疫细胞空间分布特征

依托 PCF 具备的单细胞分辨蛋白成像能力，研究团队精准定位各类免疫细胞在肿瘤微区域内的空间分布规律：巨噬细胞大多集中在肿瘤边界外侧 E1、E2 分层区域；T 淋巴细胞分布范围更广，肿瘤边界内侧 T1、T2 层与外侧 E1、E2 层均能检出。 该蛋白层面的原位分布特征，无法仅通过转录组测序数据直接推导。同时 PCF 检测结果证实，不同空间亚克隆周边免疫细胞浸润丰度存在明显区别，以乳腺癌（BRCA）样本为例，其中一类亚克隆周边 T 细胞、巨噬细胞浸润程度显著高于其余亚克隆。

四、PCF 赋能空间转录组数据，提升结果可解释性

当空间转录组测序结果提示组织分区存在基因表达差异时，PCF 技术可针对性完成三层补充验证：明确分区内细胞表达的核心功能蛋白、判定细胞所处生物学功能阶段、定位细胞周边毗邻的免疫细胞类型。 这套 “转录组初筛 + 原位蛋白验证” 的分层研究思路，能够大幅提升空间组学测序结果的生物学解释力度，为肿瘤空间异质性机制研究提供完整分析链条。

备注：本文仅为科研技术方法科普，不提供疾病诊疗、用药、疗效预判相关临床指导；文中全部试验结论均来源于公开学术文献，相关分析需搭配更多独立试验重复验证，不构成医疗建议。

参考文献 Mo, C. K., Liu, J., Chen, S., et al. (2024). Tumour evolution and microenvironment interactions in 2D and 3D space. Nature. https://doi.org/10.1038/s41586-024-08087-4