window下nnUnetV2训练流程

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已于 2024-01-07 12:03:03 修改 · 2.3k 阅读

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#python #深度学习 #开发语言

于 2023-06-06 09:45:15 首次发布

nnUnetV2是nnUnet的最新版本，要求batchgenerators库为0.25，不兼容0.20.1。需升级CUDA至11.8并安装对应版本的PyTorch。文章详细说明了数据迁移、预处理、训练、推理及后处理的步骤，包括配置环境、迁移数据、计划和预处理实验、训练模型以及进行预测和集成。

nnUnetV2版本于2023粘3月更新，它是nnUnet的全新迭代产品
特别注意！！！！
batchgenerators库的版本V1使用0.20.1而V2版本使用0.25，二者版本间并不兼容，当需要共享编辑器时，需要卸载和重装指定batchgenerators库版本

环境安装

setup安装所需要的依赖库
配置环境变量，在conda环境激活条件下配置nnUNet_raw，nnUNet_results，nnUNet_preprocessed三个文件夹的指定路径的环境变量
验证环境变量是否安装成功：打开nnunetv2–>paths.py对os.envision的部分debug，观察是否有路径

nnUnetV2需要pytorch2.0.0版本，因此需要先升级cuda，我们将cuda升级到11.8的版本，通过控制面板-程序和功能删除NVDIA CUDA Documentation 10.1，安装cuda11.8版本，选择自定义安装，只安装CUDA。安装完成后，进入pycharm的终端输入
pip3 install torch torchvision torchaudio --index-url https://download.pytorch.org/whl/cu118
来安装torch torchvision torchaudio匹配的版本

从V1版本迁移数据到V2的raw文件夹，并更新json文件
打开nnunetv2–>dataset_conversion–>convert_raw_dataset_from_old_nnunet_format.py文件，键入指令

D:\CMR-res\nnUNet-1-master\Dataset\nnUnet_raw\nnUNet_raw_data\Task040_KiTS Dataset040_KiTS

即可完成对数据集的迁移

对数据进行预处理,给定一个新数据集，nnU-Net 将提取数据集指纹（一组特定于数据集的属

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