论文笔记：Predicting miRNA–disease association based on inductive matrix completion

代码：https://github.com/IMCMDAsourcecode/IMCMDA

摘要

动机:研究表明，miRNAs在与人类疾病相关的各种生物过程中起着关键作用。考虑到生物实验的成本和复杂性，预测微小核糖核酸和疾病之间潜在联系的计算方法将是一个有效的补充。
结果:本文提出了一种新的用于微小核糖核酸-疾病关联预测的诱导矩阵完成模型。基于miRNA功能相似性、疾病语义相似性和高斯交互分布核相似性计算整合miRNA相似性和疾病相似性。主要思想是基于已知的关联以及整合的miRNA相似性和疾病相似性来完成缺失MiRNA-疾病关联。IMCMDA基于留一交叉验证和改进的先前模型实现了0.8034的AUC。此外，在三种类型的案例研究中，对五种常见的人类疾病采用了国际疾病管理和监测数据库。在第一种类型中，结肠肿瘤、肾脏肿瘤、淋巴瘤的前50个预测微小核糖核酸中分别有42、44、45个被实验报告证实。在没有任何已知微小核糖核酸的新疾病的第二类病例研究中，我们通过隐藏微小核糖核酸和乳腺肿瘤之间的关联信息，选择乳腺肿瘤作为测试实例。因此，前50个预测的乳腺肿瘤相关微小核糖核酸中有50个得到了验证。在第三种类型的案例研究中，在HMDD V1.0上测试了IMCMDA，以评估IMCMDA的鲁棒性，前50个预测的食管肿瘤相关微小核糖核酸中的49个得到了验证。

模型

1. 人类MiRNA-disease关联数据
   数据来源于HMDD v2.0（http://www.cuilab.cn/hmdd）数据库，现在已经升级到v3.2。构建关联矩阵，若存在已知MiRNA-Disease关联则为1，否则为0。
   
   2. MiRNA功能相似度
   MiRNA功能相似性的计算基于一个基本假设，即功能相似的MiRNA往往与相似的疾病有关。数据来源：http://www.cuil