生信人填坑记 orthofinder的安装和基础使用

orthofinder软件的安装【使用conda】

你好！ 这是你以为的使用conda安装orthofinder conda install orthofinder
或者稍微高级一点 conda install -c bioconda orthofinder ！！

应该在大多数conda用户的计算机上这个方法会出现环境冲突！这个时候就会有人想起来使用conda创建新环境之后再安装。

conda create -n orthofinder
conda install orthofinder
然而这个方法可以解决一部分问题，但是依旧有的同学解决不了这个软件的安装问题。
在这里有两点我希望大家可以利用起来！

在安装conda之后的第一件事是安装mamba

在国内使用conda的同学我相信很多人都会遇到-|- -|- -|- -|- -|- -|- -|- -|- 一直转圈。

所以我强烈安利 安装conda之后的第一件事就是 conda install -c conda-forge mamba
然后几乎所有的conda命令都可以把conda替换成mamba。

合理利用yml文件

根据软件的官网提供的依赖软件
mafft
muscle
iqtree
raxml
raxml-ng
fasttree
BLAST
DIAMOND
MMSeqs2

构造yaml文件

name: orthofinder
channels:
  - defaults
  - conda-forge
  - bioconda
dependencies:
  - python=3.8
  - numpy
  - pandas
  - mafft
  - muscle
  - iqtree
  - raxml
  - raxml-ng