bam文件批量统计-qualimap multi-bamqc

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#java #ubuntu
文章介绍了如何在Win11和Ubuntu20.0操作系统上安装Qualimap和运行multi-bamqc，用于Next-GenerationSequencing数据的alignment质量评估。通过Conda安装Qualimap，然后使用指定的Java内存大小参数运行multi-bamqc，处理BAM文件，并提供了样本路径配置文件的示例。此外，还提到了这个过程对于基因组质量控制的重要性。
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一、平台

win11 Ubuntu20.0

1.1 qualimap安装

软件官方地址 Qualimap: Evaluating next generation sequencing alignment data (conesalab.org)

conda install -c bioconda qualimap

1.2 multi-bamqc

qualimap --java-size 10G multi-bamqc -r -d bam_sample_path_group.txt -outdir outputdir -outformat PDF:HTML 

bam_sample_path_group.txt 两列或三列

如：

sample1 /mnt/e/bam/sample1.bam group1

sample2 /mnt/e/bam/sample2.bam group1

sample3 /mnt/e/bam/sample3.bam group2

sample4 /mnt/e/bam/sample4.bam group2

-r:输入bam文件

--java-size 10G防止内存不够，可以适当调整

参考：

基因组质量评估：（五）mapping法：5. 用软件QualiMap统计BAM文件 - 知乎 (zhihu.com)

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