cellranger安装以及使用

最新推荐文章于 2026-03-31 02:38:23 发布

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本文介绍了CellRanger的安装过程，包括创建隔离环境、下载、检查md5sum值等，还说明了临时和永久加载环境变量的方法。同时阐述了参考基因组构建，涉及gft文件过滤等，最后讲述了cellranger count定量和多样本整合的操作。

cellranger安装

1.1 为避免造成环境污染，创建隔离环境进行分析

#激活conda
source ~/.conda_init

#创建10X环境
conda create -n 10X
conda activate 10X

1.2 下载CellRanger

进入Downloads -Software -Single Cell Gene Expression -Official 10x Genomics Support注册，获得下载地址

#安装cellranger
curl -o cellranger-8.0.0.tar.gz "https://cf.10xgenomics.com/releases/cell-exp/cellranger-8.0.0.tar.gz?Expires=1713879449&Key-Pair-Id=APKAI7S6A5RYOXBWRPDA&Signature=W63p465reGvT7V3RlwtmCwKKFj4rlFx13BqglWz9plAPjMqLvgdGvTKcYAvrsBxS2tCLReOOB9hbXJESsG2TjOTIBcu~7WRLXhK5TphIkE64gsGjd22QZgVhc61rVlXXet4Yfs0z9DD5gtENpylidafi4jRi-NR4oemh11eUH-WIs9BNkNK2IUxo8bfr3qGBN-BHkYOy5cnGXDQPbUp8TObiihnNs7ebTMGH6m6ALTD9yd0AMcZaftKu7JawGG9RdDgdUrwp4WdrDqJ~PEY7Hj2FyA9SPicLYCTFnGMj~pQHt66KB-gDFIJCiuxrKI2dkhDM-HkvA8OMbE0vc5JbBA__"

1.3 检查md5sum值是否完整

$ md5sum cellranger-8.0.0.tar.gz

1.4 cellanger安装

#解压
tar -zxvf cellranger-8.0.0.tar.gz

解压完就已经安装完毕。

1.5使用cellranger

虽然安装完毕，但是现在要运行cellranger的话需要在终端输入cellranger的整个路径。

将cel

标签

#服务器 #linux

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保姆级教程：手把手教你用Cell Ranger mkref为任意物种（以绵羊为例）定制单细胞分析参考基因组

最新发布

weixin_30416871的博客

06-04

326

本文详细介绍了如何使用Cell Ranger mkref为绵羊等非模式生物构建单细胞分析参考基因组。通过step-by-step教程，涵盖基因组序列下载、注释文件处理、参考基因组构建及质量验证全流程，特别针对单细胞转录组分析的特殊需求进行优化，帮助研究人员突破物种限制开展精准单细胞研究。

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【小白学生信】cell ranger 初使用

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08-03

1万+

在学习单细胞转录组的时候，10X占据了市场的主流，它的

单细胞流程安装conda 下载基因组数据然后走cellranger 流程得到10x数据学校服务器集群anaconda安装参考基因组 38 hg19

生信小博士的博客

11-08

2514

既然你都要学cellranger了，大概率上你已经有了SRA或者fastq数据，有了服务器，linux知识也有所了解，关于数据的下载我就不赘述了。需要启动已经修改环境变量，输入以下命令（以后都不用再 source 了，因为启动 Ubuntu 会自动 source）确认安装的路径，一般直接回车安装在默认的 /home/你的名字/anaconda3。进入 Ubuntu，自己新建下载路径，输入以下命令开始下载。如果当前安装后，不是最新版本，可以通过以下命令升级。一般来说，软件以及配套的参考基因组都需要下载，

单细胞分析（22）——高效使用 Cell Ranger：安装、参数解析及 Linux 后台运行指南

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3977

Cell Ranger 是 10x Genomics 开发的一套用于单细胞转录组测序数据处理的软件。它可以对 10x Genomics 平台生成的 `FASTQ` 文件进行对齐、UMI 计数和基因表达量计算，是单细胞 RNA-seq 数据分析的第一步。由于 Cell Ranger 对输入数据格式有严格要求，并且计算资源需求较高，因此在使用时需要注意安装环境、文件命名规范以及后台运行的方式。

cellranger安装

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08-06

8138

https://repo.anaconda.com/archive/Anaconda2-5.2.0-Linux-x86_64.sh ###下载ananconda2.7版本 chmon +x Anaconda2-5.2.0-Linux-x86_64.sh ###赋予anaconda包可以执行权限 ./A...

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使用"ls SRR*"查找以"SRR"开头的文件，然后使用"while read id"逐行读取这些文件名，对每个文件执行以下操作：使用。--localmem=15：指定本地内存的使用量，单位为GB。raw_feature_bc_matrix：原始barcode信息，未过滤的可以用于构建矩阵的文件，可以不看；这是我最近跑的一个流程，说实在的，博大精深，以后我会看一些文献，分享一下，流程好跑，背景知识很难啊。--id=$id：指定输出结果的唯一标识符，通常是分析的样本名称或编号，指定输出文件夹的名字。

【Linux】CellRanger安装与系统环境部署

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本文介绍了在CentOS7虚拟机中安装10xGenomics单细胞分析工具CellRanger的步骤。首先从官网获取最新Linux版本（如cellranger-9.0.1.tar.gz）的带签名下载链接，使用wget命令下载。下载后进行解压，可选择将软件移动到/opt等系统目录。接着通过修改.bashrc文件设置环境变量，将CellRanger路径添加到PATH中，并使用source命令使配置生效。最后通过运行测试命令"cellrangertestrun--id=test_install&quot

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参考：单细胞实战(三) Cell Ranger使用初探把sra文件转化成fastq格式，并对fastq格式的文件进行质控。 find ./10X -name "*R1*.gz">id-1.txt find ./10X -name "*R1*.gz">id-2.txt cat id-1.txt id-2.txt >id-all.txt cat id-all.txt| xargs fastqc -t 20 -o ./ 得到质控结果。基本上可以用于下游分析。接下来就是用 cell

如何使用Cell Ranger处理10x 单细胞转录组测序数据

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进入10x软件官网，下拉找到Cell Ranger，点击Download跳转至下载界面，该界面有Cell Ranger软件和参考基因组等资源，可以下载Cell Ranger软件压缩包上传至服务器，也可以复制这段代码在服务器下载。需注意的是，进入这些网站需要填写个人信息，包括姓名、邮箱、机构等。下载完成后，直接解压缩，在文件夹下面有以下文件，将软件添加至环境变量，并运行cellranger count --help检测能否成功运行Cell Ranger。

【小白学生信】cell ranger 安装事宜

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作为初接触生信的小白，电脑和脑子一样是空空如也。脑子里要学知识，电脑里也要装软件啦在接触scRNA-seq的初期，我们需要照猫画虎把数据装模做样的跑一遍，cell ranger和seurat包都是需要安装的啦，本次使用的是Ubuntu作为实验小白鼠安装cell ranger之前需要去注册个10x Genomics的账号，下载及注册链接如下： https://support.10xgenomics.com/single-cell-gene-expression/software/downloads/

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如果测到的细胞数多，但是每个细胞里面的平均reads数少，那么饱和度就不高，反之，饱和度高。但也不是越高越好，背后原理是抽样的原理，到达80%左右就可以代表整个样本。下载命令的某些部分会定期更改，因此复制官网上面的确切命令可能不起作用。Estimated number of cells - 样本测到的细胞数。Mean reads per cell - 每个细胞测到的平均reads。三、对人的参考基因组和注释进行下载和解压（ensembl官网）一、Cellranger以及参考基因组的下载。

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我们前面介绍了单细胞转录组原始数据的处理步骤，以及每一步中涉及的各种问题及解决方案。下面我们将介绍几个常用的原始数据的处理流程。

快速上手Cellranger

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由于测序仪器的测序能力远大于测试样本序列量，为避免仪器浪费，因此一个lane同时测定多个样品成为很自然的思路。10xBarcode是一段16nt的核苷酸序列(序列空间350万)，在每一个Gel Beads中的Barcode序列都是一致的，在后面Barcode与细胞融合形成水凝珠之后，可以保证一个细胞的所有基因序列都带着相同的Barcode序列，也就可以认定这些序列来自同一个细胞。UMI序列的空间很大，远多于需要检测的原始细胞的mRNA数量，(即使一种mRNA有多条，也是达不到UMI的序列空间的)。