教程 | 基因家族扩张与收缩分析

介绍

#1

■ 在比较基因组分析，对直系同源基因分析后，往往接着就是基因家族扩张收缩分析。确定生物间表型差异背后的遗传变化和导致变化的进化压力，是进化生物学的主要目标之一。基因组分析工作已经揭示了物种间基因家族的成员频繁获得和丢失。基因家族规模的变化可能有利、有害或者中性，但基因家族的数量变化也是形成物种特异的重要原因之一。

#2

■ 推荐一下普遍使用的软件CAFE (Computational Analysis of gene Family Evolution)。小编永远支持具体问题还是具体分析，生物分析软件也只是辅助我们获得一个预测性的结果。

#3

■首先，CAFE由Matthew W. Hahn 课题组在2005年提出评估基因家族进化速度和模式的模型，2006年CAFE软件面世，2013年推出CAFE 3软件，2020年更新CAFE 5软件。（可见该软件还是一直更新）

#4

■ 摘一段CAFE5（Bie et. al , 2021）简短解释CAFE工作原理：

The probabilistic model adopted in CAFE was introduced by Hahn et al. (2005); it uses a random birth and death process to model gene gain and loss along each lineage of a phylogenetic tree. In order to make inferences over a whole phylogeny, a probabilistic graphical model (Lauritzen, 1996; M. I. Jordan, manuscript in preparation) is used to calculate the probability of transitions in gene family size from parent to child nodes in the phylogeny.Using the graphical models machinery, one can draw inferences on the gene family size for all ancestral species.

#5