数据的质量控制软件----fastQC

一、前言

FastQC的基本介绍:

FastQC是一款基于Java的软件，它可以快速地对测序数据进行质量评估，其官网为：Babraham Bioinformatics - FastQC A Quality Control tool for High Throughput Sequence Data

• 高通量测序数据的高级质控工具
• 输入FastQ，SAM，BAM文件，输出对测序数据评估的网页报告

二、安装

这里需要安装Conda (这是一款用于安装多数生物信息分析软件的管理软件，重要的是可以解决软件依赖问题)

conda install fastqc

三、使用fastqc

1.介绍fastqc

我们在服务器上用命令行来运行fastQC：

fastqc -t 12 -o out_path sample1_1.fq sample1_2.fq

运行结束后生成两个文件一个.html网页文件，一个是.zip压缩文件。

 常用参数：

-o 用来指定输出文件的所在目录，生成的报告的文件名是根据输入来定的，注意是不能自动新建目录的。输出的结果是.zip文件，默认不解压缩，命令里加上--extract则压缩。

-f       用来强制指定输入文件格式，默认自动检测。支持fastq、bam、sam极相应的gz压缩格式

-c      污染物选项，输入的是一个文件，格式是Name[Tab] Sequence，#开头的行是注释，里面是可能的污染序列，如果有这个选项，FastQC会在计算时候评估污染的情况，并在统计的时候进行分析。

-q      会进入沉默模式，指定这个选项的时候，程序不会实时报告运行的状况，即不出现下面的提示：

1.参数大小写敏感

2.参数两种形式

• 长参数

• 短参数

【更详细的使用说明书可以看官网哦】

Index of /projects/fastqc/Helphttp://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/Help/

 2.运行数据质控fastqc

目标：使用fastqc对原始数据进行质量评估