本文探讨了测序质量值的概念，重点介绍了Phred Quality Score如何衡量序列中每个碱基的准确性，以及Sanger和Solexa测序仪的不同计算方式。质量值与碱基错误概率的关系为Q=-10logP，其中P为错误概率。在高测序质量情况下，两种算法得出的Q值相似。此外，不同测序平台在表示质量值时会选用不同ASCII码区间。
续上一篇，FASTQ格式的每第四行表示这条序列的质量值。用ACSII码表示。
测序仪一般是按照荧光信号来判断所测序的碱基是哪一种的，例如红黄蓝绿分别对应ATCG，因此对每个结果的判断都是一个概率的问题。
| Phred Quality Score | Probability of incorrect base call | Base call accuracy |
|---|---|---|
| 10 | 1 in 10 | 90 % |
| 20 | 1 in 100 | 99 % |
| 30 | 1 in 1000 | 99.9 % |
| 40 | 1 in 10000 | 99.99 % |
| 50 | 1 in 100000 | 99.999 % |
最初Sanger中心用Phred Quality Score来衡量该read中每个碱基的质量，Q=-10logP ，其中P代表该碱基被测序错误的概率，如果该碱基测序出错的概率为0.001，则Q应该为30，那么30+33=63，那么63对应的ASCii码为“？”，则在该碱基对应的质量值即“？”。
Solexa系列测序仪使用不同的公示来计算质量值：Q=-10log(P/1-P)
在测序质量较高时，这两个算法得到的Q值没有显著差异。如下图所示
不同测序平台，在表示质量值时选择的字符区段也有差异：
Sanger = Q+33；Solexa = Q+64
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