R 从有多个序列的fasta文件中提取目标序列 seqinr

R seqinr

从一个有多个序列的fasta文件中， 批量选择所需要的序列

library(seqinr)

all_fasta <- read.fasta('fasta.fasta')

#这一步把名字换成想要的样子
names(all_fasta) <- gsub(":.*", "", names(all_fasta))

#选取
sub_fasta <- all_fasta[names(all_fasta) %in% target_list$name]

# 写出文件
write.fasta(sequences = sub_fasta, names =names(sub_fasta), file.out = 'target.fasta')