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特許法179条 被告適格
審判請求書が特許法131条違反を理由に「決定却下」された場合（特許法133条）、特許庁長官が被告になります。
一方、特許無効審判を請求した際の請求の「審決却下」は、審判の相手方（特許権者）が被告になります。
正直なところ、特許権者が無効審判請求の審決却下について、文句を言われても困ると思うんですけどね。特許権者からすると、無効審判請求が審決却下されたほうが都合が良いわけですから。
・特許法179条
（被告適格）
第百七十九条 前条第一項の訴えにおいては、特許庁長官を被告としなければならない。ただし、特許無効審判若しくは延長登録無効審判又はこれらの審判の確定審決に対する第百七十一条第一項の再審の審決に対するものにあつては、その審判又は再審の請求人又は被請求人を被告としなければならない。