【2026年10月改正】インボイス制度、また変わるって知ってました？フリーランスが今すぐ確認すべきこと

「インボイスはもう対応済み」で安心してませんか

2023年10月にインボイス制度がスタートしてから約3年。「とりあえず登録した」「よくわからないけど対応した」という形で乗り切ってきた方も多いと思います。

実は2026年10月、インボイス制度にとってまた大きな転換点が来ます。フリーランス・個人事業主にとっても、取引先(発注側)にとっても、確認しておくべきポイントがあるんです。

結論から言うと、2026年10月からインボイスの経過措置(免税事業者からの仕入れに対する控除割合)が80%から70%に縮小されます(70%はそこから2年間)。あわせて「2割特例」が2026年分で終わり、2027年分からは個人事業者限定の「3割特例」に切り替わります。免税事業者は主要取引先の反応を、課税事業者は自分がどの特例を使えるのかを早めに確認しておく必要があります。

というわけでこの記事では、インボイス制度の基本と、2026年10月の変更点をサクッと整理していきます。後半では、フリーランス・個人事業主が今すぐ確認すべきことや、免税事業者のままでいるかどうかの判断基準まで踏み込んで解説します。

インボイス制度とは？仕入税額控除の仕組みを解説

インボイス制度は、原則として適格請求書発行事業者(インボイス登録をした課税事業者)からの仕入れでなければ、仕入税額控除ができない、という制度です。

副業・フリーランスの方で、まだ売上が小さく免税事業者のままでいる場合、取引先(発注側)はその分の仕入税額控除ができなくなり、税負担が増える可能性があります。以前の記事でも、副業・フリーランスの税金まわりについて触れています。

「【2026年最新】副業の「20万円ルール」、実は住民税には適用されないって知ってました？誤解しやすいポイントを解説」

https://note.com/kura_memo/n/ned12954eb4c0

制度開始直後から「免税事業者との取引がすべて控除不可になるのは急すぎる」という配慮から、段階的に控除を認める「経過措置」が設けられています。

【2026年10月改正】インボイス制度、何が変わった？

① 経過措置の控除割合が縮小される

免税事業者等からの課税仕入れについては、2023年10月から2026年9月30日までの3年間は仕入税額相当額の80%を控除できる経過措置が設けられていました。当初の予定では、2026年10月以降はこの割合が50%に引き下げられる予定でしたが、令和8年度税制改正により、70%への引き下げにとどまり、かつ経過措置の適用期間が2年間延長されることになりました。つまり、当初の想定より負担増のペースは緩やかになっています。

② 「2割特例」が終わり、個人事業者限定の「3割特例」ができました

インボイス制度開始を契機に免税事業者から課税事業者になった人には、納付税額を売上税額の2割にできる「2割特例」があります。これが終わります。

国税庁の資料によると、2割特例が使えるのは令和8年9月30日が属する課税期間までです。個人事業者なら課税期間は暦年なので、令和8年分(2026年分)の確定申告が最後になります。

そのうえで、令和8年度の税制改正で「3割特例」が創設されました。決定済みです。納付税額を売上税額の3割にできる特例で、対象は次のとおりです。

• 個人事業者に限られます。法人は使えません

• 対象は令和9年分・令和10年分(2027年分・2028年分)の消費税の確定申告

• インボイス発行事業者の登録により、免税事業者から課税事業者になった人が対象

つまり個人事業主の場合、2026年分までは2割、2027年分と2028年分は3割、その後は原則どおりの計算、という流れになります。

法人成りしている方は注意してください。令和9年以降、2割特例も3割特例も使えません。

③ 免税事業者からの仕入れに上限が設けられる

免税事業者等からの課税仕入れについては、同一の相手先からの合計額が一定額を超えると経過措置の対象外になる、という上限がすでにあります。この基準が10億円から1億円に引き下げられます。

適用の時期に注意が要ります。「令和8年10月1日以後に開始する課税期間から」であって、取引日基準ではありません。個人事業者や12月決算法人であれば、実際に効いてくるのは令和9年(2027年)1月1日開始の課税期間からです。

先ほどの70%への引き下げは取引日基準(令和8年10月1日以後の課税仕入れ)なので、この2つは適用の考え方が違います。同じ「2026年10月」でも中身が別、と押さえておいてください。

なお、これは主に発注側(比較的大きな事業者)に影響する変更で、個人のフリーランス・副業レベルではあまり関係のない話です。

ここまでで、2026年10月に何が変わるのか、大枠はつかめたと思います。ただ、実際にフリーランス・個人事業主として「自分は何をすればいいのか」を考えると、免税事業者のままでいいのか、課税事業者になるべきか、判断に迷うポイントがいくつかあります。ここから先で、その実践的な部分を見ていきます。

フリーランス・個人事業主が今すぐ確認すべきこと

① 自分がインボイス登録(課税事業者)しているかどうかの確認

まだ免税事業者のままであれば、取引先が仕入税額控除を行う際、経過措置による一部控除(現在80%、2026年10月からの2年間は70%)しか認められません。取引先によっては、この負担増を理由に、価格交渉や取引条件の見直しを打診してくる可能性があります。

② 主要な取引先の反応を確認する

経過措置の縮小(80%→70%)は当初予定(80%→50%)より緩やかになったとはいえ、取引先の税負担は増えます。主要な取引先に対して、今後の取引条件に変化がないか、早めに確認しておくと安心です。

③ 課税事業者になるかどうかの再検討

これまで「免税事業者のままの方が得」と判断していた場合でも、経過措置の縮小によって損益分岐点が変わっている可能性があります。売上規模や主要取引先の構成によっては、課税事業者への切り替えを再検討する価値があります。

免税事業者のままでいるか、課税事業者になるか

ここが一番の判断どころです。どちらが正解かは、取引先の構成で決まります。