SDS-PAGE

タンパク質はアミノ酸が1本の鎖に編み上げられたものが複雑に折りたたまれて立体構造を作る。同じ100個のアミノ酸がつながっていてもアミノ酸の種類によっては球形だったり長細かったり色々の立体構造をとっている。電気泳動で分子量を見当つけようとしたときに引っかかるのが形の問題だ。泳動に用いられるゲルの網の目を通り抜ける速さはコンパクトにまとまっていたほうが早いのは言うまでもない。なんとかして分子量と対応する速さで電気泳動ができないか？という目的で開発され、頻用されているのがSDS-PAGEだ。SDSはソディウムドデシルサルフェートの略で強力な洗剤である。これはタンパク質の折りたたみを緩めフニャフニャの一本鎖に変換する。さらにこの鎖にまんべんなく取り付いてほぼ分子量に比例した電荷を与える。こうしてほぼ同じ条件でスタートラインについた蛋白質分子たちをせーの！で電気泳動させるとほぼ分子量にみあった速度で流れていく。ゲルをポリアクリルアミドで作成するとキメの細かいゲルができるので分離がさらに詳細になる。ポリアクリルアミドゲル電気泳動の略がPAGEである。分子量がもっと小さいペプチドのレベルならレーザー照射で電荷を与えて真空の中を飛ばせて飛行時間を正確に測れば分子量の測定がもっと簡単だ。TOF-MS（time of flight mass spectrometry)で昔の田中さんのノーベル賞の技術だ。