אחסון נתונים של שירותי בריאות באמצעות Google Cloud המסוף

בדף הזה מוסבר איך משתמשים ב-Cloud Healthcare API וב Google Cloud מסוף כדי לבצע את המשימות הבאות:

  1. יוצרים מערך נתונים של Cloud Healthcare API.
  2. יוצרים אחד ממאגרי הנתונים הבאים בתוך מערך הנתונים:
    • מאגר של Digital Imaging and Communications in Medicine‏ (DICOM)
    • מאגר Fast Healthcare Interoperability Resources (FHIR)
    • מאגר Health Level Seven International Version 2 ‏ (HL7v2)
  3. אחסון נתוני DICOM או FHIR, והצגת התוכן של משאבי FHIR.

אם אתם רוצים לעבוד רק עם סוג אחד של מאגר נתונים, אתם יכולים לדלג ישירות לקטע הזה במדריך לתחילת העבודה אחרי שתשלימו את השלבים שבקטעים לפני שמתחילים ויצירת מערך נתונים.


לחצו על תראו לי איך כדי לקרוא הסבר מפורט על המשימה ישירות במסוף Google Cloud :

תראו לי איך


לפני שמתחילים

  1. נכנסים לחשבון Google Cloud . אם אתם משתמשים חדשים ב- Google Cloud, צרו חשבון כדי שתוכלו להעריך את הביצועים של המוצרים שלנו בתרחישים מהעולם האמיתי. לקוחות חדשים מקבלים בחינם גם קרדיט בשווי 300$ להרצה, לבדיקה ולפריסה של עומסי העבודה.
  2. In the Google Cloud console, on the project selector page, select or create a Google Cloud project.

    Roles required to select or create a project

    • Select a project: Selecting a project doesn't require a specific IAM role—you can select any project that you've been granted a role on.
    • Create a project: To create a project, you need the Project Creator role (roles/resourcemanager.projectCreator), which contains the resourcemanager.projects.create permission. Learn how to grant roles.

    Go to project selector

  3. Verify that billing is enabled for your Google Cloud project.

  4. In the Google Cloud console, on the project selector page, select or create a Google Cloud project.

    Roles required to select or create a project

    • Select a project: Selecting a project doesn't require a specific IAM role—you can select any project that you've been granted a role on.
    • Create a project: To create a project, you need the Project Creator role (roles/resourcemanager.projectCreator), which contains the resourcemanager.projects.create permission. Learn how to grant roles.

    Go to project selector

  5. Verify that billing is enabled for your Google Cloud project.

  6. מפעילים את Cloud Healthcare API, אם הוא עדיין לא מופעל.

    תפקידים שנדרשים להפעלת ממשקי API

    כדי להפעיל ממשקי API, נדרשת ההרשאה serviceusage.services.enable. אם יצרתם את הפרויקט, סביר להניח שכבר יש לכם את ההרשאה הזו דרך התפקיד 'בעלים' (roles/owner). אחרת, תוכלו לקבל את ההרשאה הזו דרך התפקיד 'אדמין בממשק Service Usage' (roles/serviceusage.serviceUsageAdmin). איך מקצים תפקידים

    להפעלת ה-API

יצירת מערך נתונים

מערכי נתונים מכילים מאגרי נתונים, ומאגרי נתונים מכילים נתונים בתחום הבריאות. כדי להשתמש ב-Cloud Healthcare API, צריך ליצור לפחות מערך נתונים אחד.

  1. במסוף Google Cloud , לוחצים על Healthcare כדי לעבור לדף Datasets.

    כניסה לדף Browser

  2. לוחצים על יצירת מערך נתונים.

  3. בשדה Name, מזינים my-dataset.

  4. בשדה אזור, לוחצים על us-central1 ואז על יצירה.

מערך הנתונים החדש מופיע ברשימת מערכי הנתונים בדפדפן.

כדי להשלים את המדריך למתחילים הזה, בוחרים באחד מהקטעים הבאים:

שמירת מופע DICOM

בקטע הזה מוסבר איך לבצע את המשימות הבאות:

  1. יוצרים מאגר DICOM.
  2. ייבוא מופע DICOM אל מאגר DICOM.

‫Cloud Healthcare API מיישם את התקן DICOMweb כדי לאחסן נתונים של הדמיה רפואית ולגשת אליהם. Google Cloud המסוף לא תומך בעסקאות DICOMweb, כמו צפייה במופעים או אחזור שלהם.

יצירת מאגר DICOM

  1. במסוף Google Cloud , עוברים לדף Browser של Cloud Healthcare API:

    כניסה לדף Browser

  1. לוחצים על מערך הנתונים my-dataset.

  2. לוחצים על יצירת מאגר נתונים.

  3. בתפריט Type, בוחרים באפשרות DICOM.

  4. בשדה ID (מזהה), מזינים my-dicom-store.

  5. לוחצים על יצירה.

מאגר my-dicom-store DICOM יופיע בדף מאגרי נתונים בקבוצת הנתונים my-dataset.

ייבוא של מופע DICOM

נתוני DICOM לדוגמה זמינים בקטגוריה gs://gcs-public-data--healthcare-nih-chest-xrayCloud Storage.

  1. ברשימת מאגרי הנתונים במערך הנתונים, מחפשים את מאגר הנתונים בפורמט DICOM שיצרתם, ואז בוחרים בתפריט פעולות.

  2. לוחצים על ייבוא.

  3. בדף Import to DICOM store, בוחרים בתפריט Advanced options ואז באפשרות Override Cloud Storage path.

  4. בשדה מיקום בתפריט אפשרויות מתקדמות, מזינים את המיקום הבא של מופע DICOM שאתם מייבאים:

    gs://gcs-public-data--healthcare-nih-chest-xray/dicom/00000001_000.dcm
    
  5. לוחצים על ייבוא.

  6. כדי לעקוב אחרי סטטוס הייבוא, לוחצים על הכרטיסייה פעולות.

    אם נתקלים בשגיאות, לוחצים על פעולות ואז על הצגת הפרטים ב-Cloud Logging.

אחרי ששמרתם מופע DICOM ב-Cloud Healthcare API, תוכלו להמשיך לקטע השלבים הבאים כדי לקבל מידע על השלבים הבאים, כמו חיפוש או אחזור של תמונות DICOM.

אחסון משאבי FHIR והצגתם

בקטע הזה מוסבר איך לבצע את המשימות הבאות:

  1. יוצרים מאגר FHIR.
  2. ייבוא משאבי FHIR למאגר FHIR.
  3. צפייה בנתונים של משאבי FHIR.

‫Cloud Healthcare API מטמיע את מפרט FHIR כדי לאחסן נתוני FHIR ולגשת אליהם. Google Cloud המסוף לא תומך בשיטות מסוימות של FHIR API, כמו יצירה או מחיקה של משאבי FHIR, אבל אפשר להשתמש בכלי לצפייה ב-FHIR כדי לראות את התוכן של משאבי FHIR.

יצירת מאגר FHIR

  1. לוחצים על דפדפן כדי לעבור לדף מערכי נתונים.

  2. לוחצים על מערך הנתונים my-dataset.

  3. לוחצים על יצירת מאגר נתונים.

  4. בתפריט סוג, בוחרים באפשרות FHIR.

  5. בשדה ID (מזהה), מזינים my-fhir-store.

  6. כדי לפתוח את הקטע Configure your FHIR store (הגדרת מאגר FHIR), לוחצים על Next (הבא).

  7. לוחצים על R4.

  8. לוחצים על יצירה.

מאגר my-fhir-store FHIR מוצג בדף מאגרי נתונים בקבוצת הנתונים my-dataset.

ייבוא משאבי FHIR

נתוני FHIR לדוגמה זמינים בקטגוריה gs://gcp-public-data--synthea-fhir-data-10-patients של Cloud Storage. הקטגוריה מכילה ספרייה, fhir_r4_ndjson/, שמכילה כמה סוגים של משאבי FHIR.

  1. ברשימת מאגרי הנתונים במערך הנתונים, מחפשים את מאגר הנתונים my-fhir-store FHIR שנוצר, ואז בוחרים בתפריט פעולות.

  2. לוחצים על ייבוא.

  3. לוחצים על התפריט אפשרויות מתקדמות ואז על החלפת הנתיב של Cloud Storage.

  4. בשדה מיקום בתפריט אפשרויות מתקדמות, מזינים את המיקום הבא של משאבי ה-FHIR שאתם מייבאים:

    gs://gcp-public-data--synthea-fhir-data-10-patients/fhir_r4_ndjson/*.ndjson
    
  5. בקטע FHIR import settings (הגדרות ייבוא FHIR), בוחרים באפשרות Resource (משאב).

  6. לוחצים על ייבוא.

  7. כדי לעקוב אחרי סטטוס הייבוא, לוחצים על הכרטיסייה פעולות.

    אם נתקלים בשגיאות, לוחצים על פעולות ואז על הצגת הפרטים ב-Cloud Logging.

צפייה בתוכן של משאב FHIR

  1. נכנסים לדף FHIR viewer במסוף Google Cloud .

    מעבר לכלי לצפייה ב-FHIR

  1. ברשימה הנפתחת FHIR store, בוחרים את מערך הנתונים my-dataset ואז בוחרים את חנות ה-FHIR‏ my-fhir-store.

  2. לוחצים על השדה סוג המשאב. בתפריט הנפתח מאפיינים שמופיע, בוחרים באפשרות סוג משאב ומזינים מטופל.

  3. ברשימה Resource type (סוג המשאב), לוחצים על Patient (מטופל).

  4. בוחרים באחד ממקורות המידע על המטופל שמופיעים. כדי לראות מידע נוסף על משאב המטופל, לוחצים על הכרטיסייה Elements או על הכרטיסייה JSON כדי לראות את פרטי משאב המטופל בפורמט JSON.

אחרי ששמרתם משאב FHIR והצגתם אותו ב-Cloud Healthcare API, תוכלו להמשיך אל השלבים הבאים כדי לקבל מידע על השלבים הבאים.

אחסון הודעות HL7v2

בקטע הזה מוסבר איך לבצע את המשימות הבאות:

  1. יוצרים מאגר HL7v2.
  2. ייבוא הודעות HL7v2 למאגר HL7v2.

יצירת מאגר HL7v2

מאגרי HL7v2 קיימים בתוך מערכי נתונים ומכילים הודעות HL7v2.

  1. לוחצים על דפדפן כדי לעבור לדף מערכי נתונים.

  2. לוחצים על מערך הנתונים my-dataset.

  3. לוחצים על יצירת מאגר נתונים.

  4. בתפריט סוג, בוחרים באפשרות HL7v2.

  5. בשדה ID (מזהה), מזינים my-hl7v2-store.

  6. לוחצים על יצירה.

החנות my-hl7v2-store HL7v2 מוצגת בדף מאגרי נתונים בקבוצת הנתונים my-dataset.

ייבוא הודעות HL7v2

דוגמאות להודעות HL7v2 זמינות ב-gs://cloud-samples-data/healthcare/hl7v2/messages.ndjson.

  1. ברשימת מאגרי הנתונים במערך הנתונים, מחפשים את מאגר הנתונים של HL7v2 שיצרתם ובוחרים בתפריט פעולות.

  2. לוחצים על ייבוא.

  3. בדף Import to HL7v2 store, בוחרים בתפריט Advanced options ואז באפשרות Override Cloud Storage path.

  4. בשדה מיקום בתפריט אפשרויות מתקדמות, מזינים את המיקום הבא של הודעות HL7v2 שאתם מייבאים:

    gs://cloud-samples-data/healthcare/hl7v2/messages.ndjson
    
  5. לוחצים על ייבוא.

  6. כדי לעקוב אחרי סטטוס הייבוא, לוחצים על הכרטיסייה פעולות.

    אם נתקלים בשגיאות, לוחצים על פעולות ואז על הצגת הפרטים ב-Cloud Logging.

אחרי שיוצרים מאגר HL7v2, אפשר להמשיך לקטע מה עושים עכשיו כדי לקבל מידע על השלבים הבאים, כמו איך להטמיע ולהציג הודעות HL7v2.

הסרת המשאבים

כדי לא לצבור חיובים לחשבון Google Cloud על המשאבים שבהם השתמשתם בדף הזה, פועלים לפי השלבים הבאים:

אם אתם לא צריכים יותר את מערך הנתונים ואת מאגר הנתונים שנוצרו בתחילת העבודה המהירה הזו, אתם יכולים למחוק את מערך הנתונים. מחיקה של מערך נתונים מוחקת אותו באופן סופי, וגם את כל מאגרי הנתונים בפורמטים FHIR, ‏ HL7v2 או DICOM שהוא מכיל.

כדי למחוק קבוצת נתונים, מבצעים את השלבים הבאים:

  1. לוחצים על דפדפן כדי לעבור לדף מערכי נתונים.
  2. לצד מערך הנתונים, לוחצים על פעולות ואז על מחיקה.
  3. מאשרים את המחיקה.

אפשר גם למחוק את הפרויקט שיצרתם.

המאמרים הבאים

בקטעים הבאים מופיע מידע כללי על Cloud Healthcare API ועל אופן ביצוע משימות באמצעות בקשות HTTP ו-Google Cloud CLI:

DICOM

אפשר להמשיך אל המדריך ל-DICOM כדי לקרוא על נושאים כמו:

בהצהרת התאימות ל-DICOM מוסבר איך Cloud Healthcare API מיישם את תקן DICOMweb.

FHIR

אפשר להמשיך אל המדריך ל-FHIR כדי לקרוא נושאים כמו:

בהצהרת התאימות ל-FHIR מוסבר איך Cloud Healthcare API מיישם את תקן FHIR.

HL7v2

כדאי להמשיך לקרוא את המדריך ל-HL7v2 בנושאים כמו: