Wincoot消除拉式图里outlier的多种策略

在蛋白质中，氨基酸残基之间由肽键相连。
由于肽键的平面性，每个残基的构象都可以用两个扭转角来描述。而空间位阻的关系又导致这两个扭转角只能取有限的值，并用拉式图（Ramachandran plot）来表述它们的允许区域。

拉式图可被用来描述蛋白质结构模型的总体质量。

对于确定得很好的蛋白质结构，绝大部分构象角会处于被允许区域范围内。通常要求在90%-95%以上。

但仍然有部分残基可能出现在不允许区域，这个时候就需要通过coot去手动精修和调整。

对于大多数的outliers,正常fit可以消除下去，但经常会遇到不容易消除的残基，例如ASP, GLU, ALA等残基。

以下是几种消除拉式图里outliers的方式：

1、如果是分辨率不高的结构，可以尝试更换羰基氧的朝向，有可能是氧的朝向不对导致。

2、使用Auto fit Rotamer按钮去fit，这是由于空间位阻的关系，侧链也有偏好构象。

fit前可以先固定住主链：Modelling——Rotamer Search——Use “Backrub” Rotamers
Wincoot 0.8.9的版本的Modelling是在菜单栏Extensions里面，0.9以上的版本是在Calculate下面。

3、删除当前及附近一两个残基并重新搭建再fit。

4、程序优化时选择调低weight的设置

最后就是 如果通过phenix或者refmac5优化完，消除下去的outliers有的又重新出现了，一种原因是没有调整好，还有种原因也可能是在优化过程中，氨基酸之间存在相互作用导致。在符合电子密度的情况下，以电子密度为准。

如果出现的outliers是在允许区域的边缘，也是可以接受的。

在很多情况下，这些不被允许的构象也是与该蛋白质的重要生物学性质相关联的。