2022.04.14【读书笔记】|转录因子分析

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背景介绍

定义

转录因子（transcription factors, TFs）是直接作用于基因组，与特定DNA序列结合，调控DNA转录过程的一类蛋白质。

作用方式

调节基因组的DNA开放性
募集RNA聚合酶进行转录过程
募集辅助因子调节特定的转录阶段

转录因子特点

蛋白序列、调控区域和功能在后生动物都很保守
TFs的突变或结合位点的突变是很多疾病的起因
TFs驱动细胞分化、去分化
TFs调控诸多生命进程，诸如免疫反应、发育模式

在这里插入图片描述
可以从转录因子的功能和结构特点作为切入点
• 功能——共表达网络
TFs具有调控功能，结合于增强子，增强DNA开放性的TFs调控靶基因上
调，结合于沉默子、绝缘子，促使DNA折叠的TFs调控靶基因表达下调。
TFs与靶基因之间存在共表达关系
• 结构——富集Motif
Motif作为TFs与DNA的结合位点，其在靶基因的富集意味着更高的TF结
合可能性，即TFs与靶基因之间的调控关系越紧密

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#学习
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单细胞 | pySCENIC·转录因子分析（一）
生信练习生
12-07 4342
SCENIC (Single-Cell rRegulatory Network Inference and Clustering）是一种能够从单细胞 RNA-seq 数据（SCENIC）或单细胞 RNA-seq+单细胞 ATAC-seq 的组合（SCENIC+, 今年新发的Nature Methods, 2023, 20, 1355–1367）中同时进行转录因子推断、基因调控网络重建的方法。3.制作一个trans.py，主要目的是把提取的表达矩阵转成loom文件，python trans.py运行。
知识分享| 转录组个性化分析(5)——转录因子及转录因子结合位点预测
bioyigene的博客
03-06 9855
本篇文章给大家推荐2个网站，用于对动物、植物转录组因子（TF）、转录因子结合位点（TFBS）的预测。简单易学，任何你感兴趣的基因集，都可以用来预测 TF，也可以去预测它们的 TFBS。
Predict Binding Sites of Transcription Factor && 富集分析
robustness博客
04-22 1030
标题 ##Transcription Factor**1.一般的来说，目前发现的2000个转录因子一般是分为基础性和调控性的，基础性有1300；基础的转录因子与RNA聚合酶一起和启动子区域特异性结合，发挥作用，开始转录；而特异性的一般是和增强子一起结合形成增强体，进而发挥复杂的生物学功效。 2.在学习中，我发现一般采用参照motif（转录因子模板）的位置权重矩阵对一段序列（一般是启动子区域的s
转录因子详细介绍(motif)
热门推荐
wangprince2017
02-20 3万+
转录因子详细介绍(motif) TF: transcription factor转录因子TFBS: transcription factor binding site转录因子结合位点TFBS是序列内的location，TF特异结合在这里，这个site有这种特点 1 和一些参考相关的一个位置（开始，结束，strand），这些reference可以是染色体开始，geneTSS。也可以是一段sequence 2 A SITE可以是实验证实的（已知的），也可以是一些算法（预测的） 3 例子，下面这个图是酵母
RNA 27 SCI文章中转录因子结合motif富集到调控网络 (RcisTarget)
weixin_41368414的博客
09-29 3371
转录因子结合motif富集到调控网络 (RcisTarget)
PySCENIC（一）：python版单细胞转录组转录因子分析
qq_42090739的博客
09-23 1万+
​ 关于单细胞转录组转录因子的分析我们之前在单细胞系列讲过R语言版本的，参考：跟着Cell学单细胞转录组分析(十二):转录组因子分析，但是R语言分析起来速度非常慢，如果你动辄上万的单细胞可能要运行好几周，这显然不现实。pySCENIC则很好的解决了这个问题，分析速度很快。
实验篇—— 基因家族Motif 分析
2301_78630677的博客
08-28 1万+
本文主要简述了基于MEME工具箱中的工具进行Motif分析，了解到了有关Motif分析的相关知识。通过该分析可识别序列中重复出现的模式或序列片段。 感时花溅泪，恨别鸟惊心 –2023-8-27
干货|目标蛋白疑似转录因子，我该怎么办？
Igenebook的博客
04-12 3017
本文我们介绍了如何通过生物信息学分析和实验方法来验证一个蛋白是否是转录因子。通过结合多个案例，我们展示了这些方法在实际研究中的应用和效果。总的来说，这些方法为研究转录因子提供了有效的工具，有助于揭示它们在基因表达调控中的作用定位，进而推动相关生物学领域的研究进展。在实际应用中，武汉爱基百客生物科技有限公司作为表观组学研究的先行者，提供了一系列的产品和服务，旨在帮助科研人员更高效地探究转录因子与其下游靶基因之间的相互作用。
多组学背景下的基因调控网络推断
白景屹的博客
07-31 4206
GRN推断综述
pyscenic r版本转录因子分析 r版本步骤详解
生信小博士的博客
05-24 2286
Input 输入文件格式要求。pyscenic开始分析。
什么是转录因子？
weixin_30707875的博客
10-18 3512
什么是转录因子？ 转录因子 转录因子基本介绍 什么是转录因子？ 转录因子（Transcriptionfactor，TF)是一个能与特异DNA序列结合的蛋白,可以单独或与其他蛋白形成复合体，提高或阻断特性基因对RNA聚合酶的招募,调控着基因的表达。转录因子特点是它包含一个或多个DNA结合域（DNA-binding domain， DBDs），通过这些结合域与基因附近的DNA序...
单细胞转录因子分析
最新发布
kan_chai_wen_qiao_fu的博客
05-17 385
转录因子（Transcription Factor，TF）是一类能够直接与DNA结合的蛋白质，通过调控基因的转录过程（将DNA信息转化为RNA）来控制基因的表达水平。它们在细胞分化、发育、代谢调控、应激响应等生物学过程中发挥关键作用。转录因子特异性结合的DNA序列称为转录因子结合位点（Transcription Factor Binding Site, TFBS），其长度通常为5~20个碱基对。
单细胞个性化分析之转录因子篇
weixin_53637133的博客
05-21 2095
单细胞个性化分析之转录因子篇
5分钟掌握TOBIAS：ATAC-seq转录因子足迹分析从入门到精通
gitblog_00867的博客
12-17 917
还在为ATAC-seq数据中的转录因子结合位点分析发愁吗？TOBIAS工具集为你提供了一站式解决方案！这款专为ATAC-seq数据设计的Python工具，通过先进的算法和直观的可视化，让你轻松解密基因调控的奥秘。😊 ## 新手必看：TOBIAS四大核心模块详解 ### 数据处理第一步：ATACorrect信号校正 ATAC-seq实验中的Tn5转座酶存在序列偏好性，这会导致数据分析结果出现
单细胞 | 转录因子足迹分析
冷冻工厂
10-23 848
要执行足迹分析，必须首先向对象中添加Motif 信息，这包括每个Motif 的精确位置。这一过程可以通过使用“motif”和“packages”这两个包中的函数来实现。现在可以对任何已知位置信息的Motif 进行足迹分析。通常，这会涵盖基因组中所有该Motif 的实例。函数会收集所有必要的数据，并将其保存在分析结果中。在本案例中，将采用之前在轨迹构建案例中已经介绍并处理过的数据集。参数，以便只考虑那些位于分析中峰值区域内的Motif。函数来绘制这些基序的足迹图。Motif 足迹分析。
植物ATAC-seq文献集锦（二）——生长发育篇
Igenebook的博客
05-22 1629
因此，研究者选择L1和L3，通过整合ATAC-seq和RNA-seq，鉴定了735个差异表达基因（DEGs），这些基因的启动子区域中染色质可及性发生了变化，其中包括87个转录因子（TFs），如ABI3VP1、AP-EREBP、MYB、NAC和GRF。研究者通过对这两种细胞类型的RNA-seq、ATAC-seq、H3K4me3和H3K27me3 ChIP-seq以及BS-seq数据的整合分析，发现染色质可及性与组蛋白修饰（尤其是H3K27me3修饰和CHH甲基化）共同协调，调控细胞类型偏好性基因表达。
Single Cell——转录因子调控网络分析（SCENIC）
anyinglengtong的博客
01-04 1万+
SCENIC (Single-Cell rEgulatory Network Inference and Clustering) 是从单细胞RNA数据推断基因调控网络及其相关细胞状态的工具。原作者将SCENIC应用于肿瘤和小鼠大脑单细胞图谱数据，证明了顺式调控网络分析能够有助于深入挖掘细胞异质性背后的生物学意义，并为疾病的诊断、治疗以及发育分化的研究提供有价值的线索。SCENIC在2017年首先发表于nature methods，2020年又将流程整理后发表于nature protocls。有R版和pyth
AlphaFold3—转录因子预测（实操）
生信小博士的博客
05-13 6855
转录因子通过DNA结合结构域识别基因附近的DNA序列，如启动子中的TATA盒、CAAT盒、GC盒等元件。生物常见配体：ATP、ADP、AMP、GTP、GDP、FAD、NADP、NADPH、NDP、血红素、血红素C、肌酸、油酸、棕榈酸、柠檬酸、叶绿素A和B、细菌叶绿素A和B。某些糖组成的糖链（包括支链）：α/β-D-葡萄糖、α/β-D-甘露糖、α-L-岩藻糖、β-D-半乳糖、N-乙酰-β-D-葡萄糖胺。生物常见离子：Ca2+、Co2+、Cu2+、Fe3+、K+、Mg2+、Mn2+、Na+、Zn2+、Cl-
【亲测免费】 探索基因组的神秘面纱：TOBIAS - 一个ATAC-seq足迹分析神器
gitblog_00018的博客
06-09 1409
在生物学研究中，了解基因表达调控的机制至关重要。【TOBIAS】（Transcription factor Occupancy prediction By Investigation of ATAC-seq Signal）是一个基于Python的强大工具集，专为ATAC-seq数据的足迹分析而设计。它通过纠正Tn5插入偏倚，计算足迹得分，并估计转录因子结合位点，帮助科研人员揭示隐藏在开放染色质结构...
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