2021-10-29【微生物】丨基于qiime2工具16S/ITS分析全套流程（上）

摘要

前两个月项目特别多，最近终于有机会闲下来写点文章，把之前搭建的流程梳理一遍。前同事分析16S/ITS使用的qiime1，我接手后感觉不太适应，希望能够使用新版本来搭建，于是花了几天时间重新搭了这个流程，

工具与方法

使用工具：qiime2
使用版本：qiime2-2021.4
参考文档：https://docs.qiime2.org/2021.4/（最新版本2021.8）

流程与命令

梳理一下16S全套分析的流程，这里借用了参考模板,需要说明的是qiime2现在已经不是计算OTUs，而是ASVs,得到feature table。本流程分为上下两章，本章为上章，主要介绍质控，生成特征表，以及注释富集等步骤。

数据录入，去重与质控

qiime tools import --type 'SampleData[PairedE