生物信息百Jia软件（九）：Mummer

欢迎订阅微信公众号：基因学苑，更多精彩内容等你发掘！
基因学苑QQ群：32798724

mummer具有一定的历史了，应该最早发表于1999年，是最早的全局比对软件，因为之前序列都比较短，以局部比对软件为主。mummer的出现，让我们第一次能够比较到不同物种两个完整基因组之间的差别。mummer里面的小工具比较多，有很多非常好用的小工具，例如dnadiff，但这同时也增加了学习成本。mummer的比对速度比较快，我经常用来比较两个完整的基因组。

一、功能分类：
全局比对软件

二、软件官网：
http://mummer.sourceforge.net/

三、软件介绍:
MUMmer是TRIG在1999年开发的，经历了多个版本的更新，现在最新的版本是3.0，Mummer的一个最大特点就是比对速度非常快，对资源的消耗比较少，官方的给出的数据是两个5M左右的基因组，只用20秒左右的时间就可以比对完成，消耗的内存大约是90M，它是使用一种后缀树的算法。适合台式机水平的计算机来做大型基因组之间的比对。那么在实际使用过程中，Mummer确实比对的比较快，对资源消耗也比较小。
Mummer官网介绍该软件是一个多才多艺的软件包，因为它可以完成生物数据分析中很多的功能。Mummer其实是一个软件包，里面包含了很多工具，这些工具搭配起来使用，可以完成非常多的工作。例如基因组比对，共线性分析，同源序列搜索，重复序列查找，SNP和Indel检测等。

四、下载安装：
tar -zxvf MUMmer3.23.tar.gz
cd MUMmer3.23
make check
make install
五、软件使用：
mumer这个软件不常用，而使用最多的是nucmer这个程序，根据命名我们可以看出，(NUCleotide MUMmer) ，是在核酸水平进行比对的工具，其实nucmer是一个perl脚本，它是调用了mummer程序，首先找到两条序列之间准确匹配区域，然后进行延伸，在使用mgaps进行cluter