linux ftp下载geo,高通量数据下载还能这样操作?

最新推荐文章于 2026-08-21 11:15:09 发布

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本文介绍了如何从NCBI的GEO数据库下载高通量测序数据，包括直接下载、sratoolkit、wget脚本、Aspera和R包GEOquery等方法，重点讨论了在Linux环境下利用命令行工具批量下载SRA数据的策略。

本文属于转录组入门系列(RAN-seq基础入门传送门 http://www.biotrainee.com/thread-1750-1-1.html)第2部分内容，以一篇Nature文章为例，详细解读如何从NCBI下载高通量测序数据。

文章

AKAP95 regulates splicing through scaffolding RNAs and RNA processing factors. Nat Commun 2016 Nov 8;7:13347. PMID: 27824034

数据

根据文章中的提示，打开NCBI上的GEO数据库(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/)

在搜索框中输入登录号“GSE81916”。在新打开的页面中，拉到底端即可看到文章的可下载数据。其中Download family是经过GEO数据库整理和标准化的数据，Supplementary file是原始数据，提供SRA格式的文件(通过ftp下载)和bw压缩格式的文件(通过 http下载，点击custom可以选择要下载的文件)

105567987_1

ftp链接打开后显示有15个SRR文件

105567987_2

点击custom后显示有15个bw文件(bw文件是精简版的bam文件)，可以选择想要的文件后再下载。

105567987_3

根据“Sa

标签

#linux ftp下载geo

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