linux下phylip软件构建NJ树,SNP数据构建系统进化树

大概是长期的不锻炼使得今天的爬山运动过量了，接着悲剧就是无法入眠。也幸亏明天是周日，干脆就起床码字了。

总结下自己前面用snp构建系统进化树的方法吧。

1.构建进化树的算法

构建系统进化树的方法主要有以下几类：

基于距离矩阵的方法:NJ(邻接法)

MP(最大简约法)

ML(最大似然法)

以及贝叶斯法。

一般情况下，若有合适的模型，ML的效果较好；

近缘序列的话，一般使用MP；

远源序列，一般使用NJ或者ML。

在分析变异过滤得到SNP时，一般都会用PHYLIP构建NJ进化树。

那么具体如何操作呢？

软件安装

软件安装较为简单

wget http://evolution.gs.washington.edu/phylip/download/phylip-3.69.tar.gz ./ #下载软件

tar zxvf phylip-3.69.tar.gz #解压

cd phylip-3.69/src

make install

#以上几步即安装完软件，文件夹中的exe目录里为可执行程序

2.输入文件的格式转换

输入文件格式事例.png

其中第一行为构建进化树的样品数以及每个样品使用的snp数目。

第二行及以下为每个样品的名称及snp的具体内容。需要注意的是样品的名称必须为10个字母，如果未达到10个字母，可用tab键或者空格键代替。第11个字母后即为snp的内容，同时在这些序列中，一般每10个位点会有1个空格使其方便阅读。每个样品的用于构建snp的个数必须相同。

根据以上的规定，