基因组各种版本对应关系

原创 已于 2022-02-23 16:06:44 修改 · 2.5k 阅读 · 1 ·
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#生物信息学
于 2022-02-23 15:53:08 首次发布

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NCBI对应UCSC(hg)再对应ENSEMBL数据库： GRCh36 (hg18): ENSEMBL release_52 GRCh37
(hg19): ENSEMBL release_59/61/64/68/69/75 GRCh38 (hg38): ENSEMBL
release_76/77/78/80/81/82
转自https://cloud.tencent.com/developer/article/1054968

ps: NCBI和ENSEMBL的命名形式都是：GRCh
UCSC的命名形式是：hg

hyena_7
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构建index所需的参考基因组以及各种版本的注释文件
菠萝西斯的博客
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单细胞分析（23）——人类基因组版本详解
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不同参考基因组版本间 bed vcf文件转换
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1. 通过liftover转换bed文件坐标 1.1 下载转换的chain文件 http://hgdownload.soe.ucsc.edu/downloads.html#human hg19转hg38 的chain wget http://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/hg19/liftOver/hg19ToHg38.over.chain.gz hg38转hg19 的chain wget http://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenP
一文读懂参考基因组和基因组注释+最全下载方法
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人类参考基因组38版与19版有什么区别？
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已有研究表明，GC含量会影响Illumina测序的效率，并影响后续的分析，如CNV的检测，而CNV的检测严重依赖于深度覆盖。文章还指出，GRCh38在基因组分析中的准确性和可靠性的提高，不仅得益于基因组组装的改进，还得益于参考基因组中的多样性。与GRCh37相比，GRCh38改变了8000个bp，纠正了几个错误组装的区域，填补了空白，增加了着丝粒序列，在178个区域组装了261条alternate loci，丰富了基因组的多样性。在检测的24条染色体中，16条GRCh38的核苷酸计数减少，8条增加。
基因组各种版本对应关系(转载)
weixin_30780649的博客
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转载自http://www.bio-info-trainee.com/1469.html（生信菜鸟团） 首先是NCBI对应UCSC，对应ENSEMBL数据库： GRCh36 (hg18): ENSEMBL release_52. GRCh37 (hg19): ENSEMBL release_59/61/64/68/69/75. GRCh38 (hg38):ENSEMBL ...
GRCm38=mm10；GRCm39=mm39；GRCh37=hg19；GRCh38=hg38
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嗯就是记一下
参考基因组
wangprince2017
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参考基因组 rockygao·2019年12月09日· 201 次阅读 目 在学习进行人的 RNA-SEQ 数据分析之前，需要做许多准备工作： 分析环境的搭建以及各个分析软件的安装； 参考基因组的选择； 待分析数据准备； 分析流程 本文章主要介绍参考基因组选择、不同数据中参考基因下组载，以及参考基因组格式说明。 参考基因组及注释文件 参考基因组文件 通常是 fasta 或者 fasta 格式：以>开头的行标注染色体信息，后续行为该条染色体的碱基信息。 基因注释文件 ...
genbank版本的基因组和refseq版本的基因组有何区别
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解析 Ensembl 的数据库服务器
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在数据分析中，经常需要下载物种的参考基因组序列，这时有很多数据库可以选择，比如NCBI, Ensembl, UCSC这三个通用的数据库，或者该物种特有的数据库， 比如模式生物拟南芥等有专门的数据库。 在NCBI, Ensembl 和 UCSC中对于同一个物种，编号不统一，在这里整理一下它们之间的关系，以人类基因组为例： 在NCBI中，对于不同的拼装版本，以NCBI Build Number ...
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目录   ##前言 参考基因组版本 {#genome-version} NCBI Ensembl UCSC ENCODE GENCODE TCGA 1000 GENOME ##前言 做数据分析常常会需要用到参考基因组和注释文件，还会需要分析公共数据，了解常见的生物信息学数据库资源也是非常有必要的！故本章首先介绍常用的参考基因组和注释文件，然后介绍生物信息常用的数据库资源如：...
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在临床数据分析时，使用的人类参考基因组为UCSC上面的hg19，hg39版本，且常常将除1-22，X,Y,M，以外的染色体去除，避免数据的干扰。 hg19索引构建 进入UCSC的官网，hg19的ftp网址 http://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/hg19/bigZips/ 参考基因组版本说明，与NCBI的对应版本 This directory con...
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大家好，我是邓飞。前一段时间有小伙伴在星球提问：想将不同版本的SNP数据合并，不想重新call snp，想把绵羊的V2和V4版本的数据合并，具体来说，是V2转为V4然后与V4合并。我建议用liftOver软件进行处理，并许诺写篇博客介绍一下。还有小伙伴想把1.2的参考基因组，变为3.1的，问我如何处理，我还是建议用liftOver，在线网站也可以解决，但是本地编程更快一些。
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qq_53947118的博客
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