真菌多样性分析ITS序列

原创 于 2022-03-25 15:15:04 发布 · 5.8k 阅读 · 14
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本文介绍了真菌多样性分析中，ITS序列作为种间差异显著且易于分析的区域，常用于真菌系统发育分析。高通量测序如Illumina MiSeq平台因其优势在微生物生态研究中广泛应用。微基生物在国内率先采用该平台进行真菌ITS序列分析。此外，参考了一项关于中国传统普洱茶发酵微生物组的研究，结合宏基因组和宏转录组方法揭示微生物群落特征。

ITS序列是内源转录间隔区（Internally Transcribed Spacer），位于真菌18S、5.8S和28S rRNA基因之间，分别为ITS 1和ITS 2。

    在真菌中，5.8S、18S和28S rRNA基因具有较高的保守性，而ITS由于承受较小的自然选择压力，在进化过程中能够容忍更多的变异，在绝大多数真核生物中表现出极为广泛的序列多态性。同时，ITS的保守型表现为种内相对一致，种间差异较明显，能够反映出种属间，甚至菌株间的差异。并且ITS序列片段较小（ITS 1和ITS 2长度分别为350 bp和400 bp），易于分析，目前已被广泛用于真菌不同种属的系统发育分析。 

真菌多样性分析流程如下：

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