ChIP-seq 分析：Peak 注释与可视化（9）

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文章介绍了如何使用ChIPseeker包对ChIPseq峰进行基因注释，通过与TXDB和org.Mm.eg.db数据库结合确定转录因子目标。通过annotatePeak函数处理GRanges对象，并利用plotAnnoBar和plotDistToTSS等工具展示注释结果和峰值分布。

1. 基因注释

到目前为止，我们一直在处理对应于转录因子结合的 ChIPseq 峰。顾名思义，转录因子可以影响其靶基因的表达。

转录因子的目标很难单独从 ChIPseq 数据中确定，因此我们通常会通过一组简单的规则来注释基因的峰：

如果峰与基因重叠，则通常将峰注释为基因。

2. Peak 注释

ChIPseeker 是一个有用的基因峰注释包。通过在小鼠 TXDB 对象（mm10 基因组）的来源中使用预定义的注释，ChIPseeker 将为我们提供峰落在基因中的位置以及到 TSS 位点的距离的概览。

首先加载下一部分所需的库。

library(TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene)
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