Python之abagen包语法、参数和实际应用案例

abagen：艾伦大脑图谱遗传数据的工具箱 该软件包提供了一个Python界面，用于获取和使用 （AHBA）微阵列表达数据。 概述 2013年，艾伦脑科学研究所发布了，该数据集包含从六个人脑收集的微阵列表达数据（Hawrylycz等人，2012）。 该数据集提供了前所未有的机会来检查人脑的遗传基础，并且已经产生了对例如和新颖见解。 但是，为了在大多数分析中得到有效利用，AHBA微阵列表达数据通常需要（1）折叠到感兴趣的区域（例如包裹或网络）中，以及（2）跨供体组合。 尽管这可能看起来微不足道，但这些步骤中有许多分析选择会极大地影响所得数据和任何下游分析。 Arnatkevičiūte等人，2019在中对此进行了彻底的处理，证明了用于准备原始AHBA数据的技术和代码在已发布的报告中有很大的不同。 当前的Python软件包abagen旨在提供可重现的工作流，用于处理和准备AHBA微阵列表

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