ggraph做环形网络互作图---一个简单的例子

本节来介绍如何基于微生物测序得到的OTU表绘制一个物种间网络图，下面通过一个小栗子来进行展示 ❞ 加载并安装R包 package.list=c("tidyverse","ggraph","tidygraph","magrittr","tidytext","widyr") for(packageinpackage.list){ if(!require(package,character.only=T,quietly=T)){ install.packages(package...

本文详细介绍了如何使用R语言的ggraph包，从STRING数据库的蛋白互作数据出发，绘制专业美观的基因互作环形网络图。教程涵盖数据预处理、图对象构建、核心绘图步骤及进阶技巧，重点演示了如何利用ggnewscale包在同一图中映射节点填充色（通路分组）和边框色（上下调状态），实现发表级可视化效果。

ggraph 是 ggplot2 的扩展，用于绘制关系型数据结构，如网络、图和树等。 ggraph 包含 3 个核心概念： layout：定义图的布局，如蜂巢图、圆堆积图等 nodes：定义节点图形属性，使用 geom_node_*() 函数来控制 edges：定义边的图形属性，使用 geom_edge_*() 函数来控制 参考 https://www.e-learn.cn/tag/ggraph......

在前面几节，我们对igraph进行了一些简单介绍。接下来我们要介绍的是ggraph包的使用通常，ggraph会和tidygraph一起搭配使用，这两个包都是写的。tidygraph提供了一系列tidyAPI用于操作图，通常可以将图对象设计为两个tidy表，一个用于表示node数据，另一个用于表示edge数据。还提供了一些额外的动词用于操作这两个表，同时也提供了很多的图论算法，让图形对象的处理看起来更像是在处理数据框。ggraph是ggplot2的扩展，用于绘制关系型数据结构，如网络、图和树等。

目前很多人可能都在考虑如何绘制一个好看的互作网络图，绘制这样的图是一件很难事情，下面我会分几次来分别讲述，如何绘制： 一、基本互作图的绘制 首先，需要一个绘制互作网络的软件，cytoscape，该软件是用Java来写的，在安装之前需要先安装Java，在这里我不详细去介绍，怎么下载并安装这个软件。 其次，需要准备两个文件，第一个代表互作关系的表格，这个表格里面主要包含两列，如下表所示，很多人会问，如...

这样就完成了，也是美美的。更多精彩请至我的公众号---KS科研分享与服务。加载R包和节点数据，可以是STRING分析得到的网络文件，也可以是miRNA对应靶基因文件，再或者可以是转录因子对应的调控文件等！我做的图如下，有一点问题，但不影响我们对这个函数的解析。

本文详细介绍了如何使用R语言的ggraph包，将STRING数据库的基因互作数据转化为专业的环形网络互作图。通过实战步骤，涵盖数据准备、网络对象转换、美学属性映射及高级可视化调整，帮助研究者实现基于通路分组和表达调控信息的基因互作网络可视化，提升科研图表的表现力与信息量。

本文介绍了如何利用R语言的ggraph和igraph包替代Cytoscape，绘制高度定制化的蛋白互作环形网络图。通过详细的代码示例和优化技巧，帮助研究者实现批量处理、精细可视化及科学发现，特别适合需要高度定制化和自动化分析的生物信息学研究。

事情是这样的，有小伙伴给了一张图，是个GO与基因关系的网络图，问怎么做，因为是截图，所有这里我放自己做的图。是这样的： 640.png 为了鼓捣这个图也是费了一番功夫，这种网络图与ggtree这些是同源的感觉，是不过是曲线而已，主要是用ggraph包。重点在于构建作图数据。大类用大的节点，放在圆内部，周围一圈是节点，外部点的大小这里我用的是基因的P值，实际中可以用实际的数据。这个图的用处，我想到的有：（1）这种通络富集图，展示通路下包含的基因。（2）蛋白互作。（3）单细胞中每个细胞类群包含的亚群也可

GGraph是一款强大的图形可视化工具，专为处理和展示复杂数据而设计。无论是社交网络分析、组织结构图还是任何关系型数据，GGraph都能帮助您将混乱的数据转化为清晰直观的可视化图表，让数据关系一目了然。 ## 为什么选择GGraph？ 在数据驱动的时代，如何将海量复杂的数据转化为直观易懂的图形是一项挑战。GGraph作为一款专注于大型混乱数据可视化的工具，提供了简单而强大的解决方案。它基于D3

笔者用R语言绘制圆形树状图

将网络图结构与我们平常绘制的数据图进行对比，我们可以发现，图的布局就相当于每个数据点的坐标，而节点就相当于数据点，边就是连接数据点的几何图形，可以是直线、曲线或带箭头的线等。所以，不同的节点形状和不同的边形状进行组合，就绘制出了上节我们展示的各式各样的图形。下面，我们要介绍节点与边的相关操作，图结构如下。

目录 零、数据准备 1、二维关系表一维化 2、关注基因制表 3、属性文件 一、数据导入 二、图的筛选 三、图的布局 四、设置图中节点与边的样式-以及根据值大小调整 根据值相关性调整 五、图放大缩小-旋转 ​ 零、数据准备 1、二维关系表一维化 这是原表，展现菌群与样本之间的相关性的二维表 可用power query进行逆透视化，office2019已经集成在程序内 一维化结果二维表转一维表，需要选择除第一列以外的列，然后点逆透视 产生的一维表，就是包含两个节点，..

科研小伙伴们，如果你是从事肠道菌群、微生物组、基因组、蛋白组、代谢组等组学分析，那就离不开一个强大的互作网络绘图软件CYTOSCAPE，安装过程在之前写的文章cytoscape安装及使用-1中已经安利给大家了，不过使用的教程还没完成。今天我想给大家介绍一个联合MENA网站进行相关性分析的cytoscape操作教程，如果想我继续发布其他内容请多多点赞，我看到会很高兴哒！因为自己也很咸鱼，懒散发布文章...

由两台计算机直接连接组成。

ggraph是一个基于D3构建的开源图形可视化库，专门用于处理大型和复杂的数据网络。它通过引入节点组的概念，让用户能够更有效地组织和展示关联性强的节点数据，非常适合处理IP子网、电子邮件集群、文件指纹等复杂关系数据。 ## 为什么选择ggraph？ 传统的图形可视化工具在面对大量杂乱数据时往往显得力不从心。ggraph通过以下核心特性解决了这一痛点： - **节点分组功能**：可将相关节点合

ggraph是一款基于D3构建的图可视化库，专为处理大型和复杂数据而设计。它通过引入节点组的概念扩展了传统的节点和链接模型，特别适合当多个节点实际上代表同一事物或属于同一组的场景，让复杂数据的图可视化变得简单高效。 ## 为什么选择ggraph处理复杂数据可视化？ 在处理复杂数据时，传统的图可视化工具往往难以应对节点关系混乱的情况。ggraph的出现解决了这一痛点，它允许将相关节点合并为组，例

还在为复杂的关系数据可视化发愁吗？面对网络图、树状图这类特殊数据结构，你是否感到无从下手？别担心，今天要介绍的ggraph项目将彻底改变你的数据可视化体验！ ggraph作为ggplot2的强力扩展，专门为网络图、关系图和树状图而生。它继承了ggplot2的优雅语法，同时增加了专门针对关系数据的图形元素和布局算法，让你能够轻松创建专业级的网络可视化图表。 ## 🎯 为什么你需要ggraph？

地理网络图与不同，当引用地理位置进行节点时，需要将这些节点放置在地图上，然后绘制他们之间的连结。的帖子(https://datascience.blog.wzb.eu/2018/05/31/three-ways-of-visualizing-a-graph-on-a-map/)，非常赞。其中他的部分思路对于我们很有帮助。首先准备需要的R包，当需要一次性加载多个R包时，我们可以利用pacman，它整合了library包中的一些相关函数，利用pacman包中的p_load。