基因调控网络动态分析的高效方法及计算机模拟基因扰动实验
1. 引言
在过去二十年里,生物研究发展迅速。从单基因/单蛋白分析,发展到如今能通过DNA微阵列、siRNA敲低和蛋白质 - 蛋白质相互作用等高通量方法,捕获和整合大量信息。虽然我们掌握了大量基因和蛋白质相互作用的信息,但精确的化学计量和动力学仍难以捉摸。在这种情况下,我们可以选择等待获取精确生化过程的关键信息,也可以对基因调控网络中的信息流进行建模。我们选择了后者,因为现有信息已足以识别所研究生物系统的定性行为,并且这种方法有助于进一步理解决定细胞命运的关键因素。
本文提出的方法改进了离散调控网络的建模方法,采用二元决策图(BDD)来表示和操作布尔网络。这种数据转换能紧凑地表示网络的状态空间,并实现高效的动态分析。BDD主要用于电子设计自动化领域的逻辑综合和测试,以及模型检查等,本文将其应用于生物调控网络。我们使用已发表的T辅助细胞调控网络验证了我们的方法,软件GenYsis能找到所有稳态,并正确识别基因扰动实验的结果,而且在合理时间内,使用适度的计算资源就能计算超过1000个节点的网络细胞状态。
2. 二元决策图
2.1 简介
二元决策图(BDD)是一种有向无环图,由根节点、中间决策节点和两个终端节点(0终端和1终端)组成,可用于表示布尔函数。函数的每个变量用图中的决策节点表示,每个决策节点有两条出边,分别表示变量取值为1和0。从根节点到1终端的所有路径给出了函数为真时的变量赋值。有些路径中可能缺少某些变量,这些变量可以取0或1值。
例如,布尔函数$f = (a \land b) \lor c$的BDD表示如图1所示:
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