gromacs水分子(spc)全原子力场(opls-aa)模拟

1 环境需求

• 系统环境: Ubuntu 18.04.4 LTS
• gromacs版本: 2020.3

2 开始模拟

2.1 准备模拟目录

mkdir -p /data/sim/
cd /data/sim/

2.2 生成拓扑文件

echo '#include "oplsaa.ff/forcefield.itp"
#include "oplsaa.ff/spc.itp"

[ System ]
SPC

[ Molecules ]' > /data/sim/topol.top

其中[System]项表示这个要模拟的系统的名字，可任取

2.3 生成结构文件

cd /data/sim/
gmx solvate -cs spc216 -o conf.gro -box 2.3 2.3 2.3 -p topol.top

• -cs指定使用的溶剂, 这里选择了水分子spc模型.