AutoDock Vina 对接计算（大批量）

AutoDock Vina 1.2.0 对接计算（大批量）

AutoDockVina 1.2.0 的示例应用：A) 对接多个配体 (PDB 5x72)；B) 使用 AutoDock4 (PDB 4ykq) 的水合对接方案与水分子对接；C)在锌存在的情况下使用 AutoDock4Zn 力场 (PDB 1s63)； D) 柔性大环化合物。

1. AutoDock Vina 1.2.0 简介

AutoDock Vina 1.2.0 可以说是速度最快、使用最广泛的分子对接开源程序之一，是 AutoDock Vina 的升级版本。以下是 AutoDock Vina 1.2.0 的一些主要特点和功能：

• 多配体对接 (Simultaneous Multiple Ligand Docking)
  Vina 现在能够同时对接多个配体。 这种功能可能会在基于片段的药物设计中得到应用，其中结合相同靶标的小分子可以生长或组合成具有潜在更好亲和力的更大化合物。

• 水合对接 (Hydrated Docking)
  水合对接能够直接模拟配体-受体和水分子的相互作用。该方法基于与球形水分子显式水合的配体对接，可用于预测单个水分子的位置和作用（即桥接或置换），并总体上改进配体构象预测。

• AutoDock4_Zn
  AutoDock4_Zn是基于AD4的一种模拟锌离子配体的专用力场。基于使用假原子来描述复合在蛋白质中的锌离子的最佳四面体配位几何形状，以及改进电势的定义来描述其与配体中的配位元素（即氮、氧和硫）。该方法能够重现 AD4的对接性能，结果表明配体的晶体构象和最佳锌配位几何形状具有良好重叠。

• 大环构象采样 (Macrocycle Conformational Sampling)
  大环化合物的对接是一项具有挑战性的任务，因为通过对导致不同构象的相关扭转变化进行建模来对环柔性进行采样很困难。AD4 有一个专门的协议来对接大环化合物，同时对其灵活性进行动态建模。 环结构中的一个键被破坏，形成大环的开放形式，从而进行独立探索扭转自由度。 在对接过程中，施加线性电势以恢复键合，从而形成闭合环形式。因此，在适应结合口袋的同时对大环构象进行采样，但代价是由于添加了额外的可旋转键而增加了搜索复杂性。

• Python API
  利用 Python 语言的流行度和实用性， AutoDock Vina1.2.0 版本中添加了Python API。为了生成尽可能符合 pythonic的 Python 接口，Vina 代码被重构为Python库。其大多数功能是通过直接绑定到现有的 C++ 代码来实现，或者通过附加函数来简化对 Python 环境的访问。提供的Python API具有以下功能：

  • 创建 AutoDock Vina 引擎的实例（评分函数选择、CPU 内核和随机种子）
  • 读/写一个或多个PDBQT文件
  • 计算Vina 亲和力
  • 读/写 Vina 亲和力并读取 AutoDock 亲和力
  • 随机化输入配体的方向和位置（randomize_only）
  • 评估当前一个或多个姿势的能量（score_only）
  • 执行局部优化（local_only）
  • 设置蒙特卡罗全局搜索参数（详尽性、输出位姿数量、最大评估等…）

因此，基本的 Vina 计算可以配置并执行如下：

#!/usr/bin/env python
# Simple example with Vina Python bindings
from vina import Vina
v=Vina()

v.set_receptor("protein.pdbgt")ii 
v.set_ligand_from_file("ligand.pdbqt")

v.compute_vina_maps([0.， 0.，0.]，[30，30，30])
v.dock(exhaustiveness=32)

v.write_poses("docking_results.pdbqt")

2. AutoDock Vina 1.2.0 安装

2.1 下载

根据自己的硬件环境，按需下载，官方下载网址。