nnUNet安装踩坑记录

nnUNet安装踩坑记录

论文地址：https://arxiv.org/abs/1809.10486

https://github.com/MIC-DKFZ/nnUNet

更新于2020/12/04：

其实应该更早更新，因为我已经用了很久了。pytorch更新1.6版本以后，自带混精度梯度传递，无需编译apex，只需要把nnunet clone到本地，pip install -e . 即可（建议提前装好pytorch，会节省安装时间）

nnUNet采用2D，3D和级联UNet网络结构，最大的亮点在于可以自适应调参，可以适用于多种数据集的图像分割训练，尤其是医学图像分割训练，因此想尝试部署该框架，对CT和MR的癌症靶区进行分割

部署环境

• 操作系统：windows 10
• GPU：nvidia 1080 8G
• python 环境：使用anaconda建立独立虚拟环境，python版本为3.6
• CUDA版本 9.2， cuDNN版本：7.6.5.32

安装pytorch

• 从网址 https://download.pytorch.org/whl/torch_stable.html 中下载 cu92/torch-1.2.0%2Bcu92-cp36-cp36m-win_amd64.whl 和 cu92/torchvision-0.4.0%2Bcu92-cp36-cp36m-win_amd64.whl
• 在conda环境中 使用pip将上述whl安装完成

测试环境

• 激活pyto