17、癌症研究中的建模方法:从肝脏病灶到统一建模途径

癌症研究中的建模方法:从肝脏病灶到统一建模途径

在癌症研究领域,建模方法对于理解癌症的发生、发展以及评估风险起着至关重要的作用。下面将详细介绍肝脏病灶研究中的建模应用以及一种统一的建模方法。

肝脏病灶研究中的建模应用

在肝脏病灶的研究中,通过动物实验来探究化学物质对肝脏的影响。研究人员选取幼年Wistar大鼠,先给予单剂量的N - 亚硝基二乙胺(DEN),经过两周恢复期后,一部分大鼠每日接受N - 亚硝基吗啉(NNM)处理,另一部分则使用媒介物作为对照。研究开始十二周后,获取肝脏切片并对胎盘型谷胱甘肽S - 转移酶(GSTP)进行染色。

染色过程使得能够识别出局灶性肝脏病变,因为这些病变的GSTP表达增加。数据集仅包含一种类型的局灶性病变信息,因此需要一个允许描述一种类型病灶的模型。研究重点在于确定NNM是否具有促进作用,即与媒介物对照组相比,DEN启动的动物中病灶大小是否因NNM而增加。

由于研究设计只有一个牺牲时间点,只能通过最大似然法从数据中估计两个模型参数:正常细胞向GSTP⁺细胞的转化速率以及GSTP⁺病灶的生长速率。似然比检验表明,两个剂量组之间病灶的生长速率存在显著差异(p < 0.001)。

此外,还将四阶段模型和颜色转移模型应用于另一项关于NNM的致癌性研究数据集。在该研究中,大鼠持续单独接受NNM处理,肝脏切片用苏木精和伊红染色。识别出几种类型的病灶并进行形态计量分析,但分析仅限于三种类型的病灶。

四阶段模型应用于数据时,得出的细胞分裂速率的最大似然参数估计在生物学上不合理。因此,对四阶段模型的参数范围进行了限制以反映生物学现实。四阶段模型和颜色转移模型是非嵌套模型,不能通过似然比方法进行拟合比

于2024年4月-2025年9月期间,研究团队在贵州习水国家级自然保护区制定39条样线,涵盖灌木林、常绿阔叶林、针叶林、常绿落叶阔叶混交林、针阔混交林等不同植被类型,每条样线分春夏秋冬4个季节采集样品,用真菌采集软件记录经纬度、海拔、采集地点、时间、生境等信息,使用佳能相机(R6 mark Ⅱ)对大型真菌进行拍照,并采集标本,标本存放于贵州省生物研究所大型真菌标本馆(HGAMF)。 通过形态学初步鉴定,结合分子生物学最终鉴定,参考已]报道的中国毒蘑菇名录开展毒蘑菇的认定。 调查到保护区内有毒真菌7目25科64种,导致中毒的主要类型有急性肾衰竭型、神经精神型和胃肠炎型。最终形成贵州习水国家级自然保护区大型有毒真菌图片数据集,它由以下2个部分组成。 (1)附件1包含78张原始照片(.JPG),照片名字包括了大型有毒真菌的拉丁名和中文名,若无中文名的直接用拉丁名。 (2)附件2是一个压缩文件,包含了2张工作表,其中一张表是大型有毒真菌39条样线的信息,另一张表是大型有毒真菌的中毒类型。 照片采用佳能相机R6 mark Ⅱ拍摄,物种鉴定通过多种文献核实,并经两位以上专家鉴定确认。该数据集可为研究地及周边的普通人识别有毒大型真菌提供参考,通过及时的图片对比,能有效避免误采误食大型有毒真菌,同时为因误食大型真菌可能引发的身体损伤进行了总结,能为患者及时治疗提供参考。
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