②单细胞学习-组间及样本细胞比例分析

目录

数据读入

每个样本各细胞比例

两个组间细胞比例

亚组间细胞比例差异分析（循环）

单个细胞类型亚新间比例差异

①单细胞学习-数据读取、降维和分群-CSDN博客

比较各个样本间的各类细胞比例或者亚组之间的细胞比例差异

①数据读入

#各样本细胞比例计算
rm(list = ls()) 
library(Seurat)
load("scedata1.RData")#这里是经过质控和降维后的单细胞数据
table(scedata$orig.ident)#查看各组细胞数
table(Idents(scedata))#查看各种类型细胞数目
#prop.table(table(Idents(scedata)))
table(Idents(scedata), scedata$orig.ident)#每个样本不同类型细胞数据

> table(scedata$orig.ident)#查看各组细胞数

 BM1  BM2  BM3  GM1  GM2  GM3 
2754  747 2158 1754 1528 1983 

> table(Idents(scedata))#查看各种类型细胞数目

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