根据 基因名、bed 文件的基因位置，提取 DNA 序列 bedtools

最新推荐文章于 2026-05-14 05:12:09 发布
原创 最新推荐文章于 2026-05-14 05:12:09 发布 · 4.9k 阅读 · 8 ·
本内容遵循CC 4.0 BY-SA版权协议
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文介绍如何使用UCSC数据库和bedtools工具进行基因序列提取。首先通过UCSC下载基因位置信息，然后利用bedtools从参考基因组中提取特定基因的DNA序列。

根据 基因名、bed 文件的基因位置，提取 DNA 序列 bedtools

1、根据 Gene Symbol 查找在序列上的位置

从UCSC下载匹配的 文件
链接: http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTables.

1）、主要注意版本的信息，按默认就行

在这里插入图片描述
2）、点击 get output，至下一页，就可以选择自己勾选自己想要的信息了
在这里插入图片描述
3）、下载后的文件，三列分别是 Transcription位置，Exon位置，geneSymbol
在这里插入图片描述

2、根据 基因位置 提取参考上的序列

bedtools getfasta -fi hg19.fa -bed target.bed > target.fa

bed 文件格式：

chr10	131265453	131565783
已知基因染色体号，坐标如何快速获取基因序列
llhgj的博客
12-03 3722
bedtools提取序列
bedtools从剪切位点两边提取序列
xjw的博客
01-11 3272
目录下载数据（人类）NCBIGenCodebedtools获取内含子位置获取内含子序列获取上下游位置和序列参考文章 下载数据（人类） NCBI 由于我需要获取剪切位点两边的序列，那么我需要下载参考基因组数据和注释文件。参考基因组下载常用的有ncbi、ucsc和ensemble。下图是参考基因组版本对应信息。 我是从NCBI下载 链接（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/） 点击搜索之后，就可以在页面中找到了。 GenCode 我的注释文件是在GenCode下载，下面为版本信息
如何根据染色体坐标快速得到基因组的 DNA 序列
klcola的专栏
01-18 1万+
http://pythonhosted.org/twobitreader/ 提供了一个方便的小工具 python -m twobitreader hg19.2bit < example.bed 染色体的位置信息在 bed 文件中给出，.2bit 文件格式是 UCSC Genome Browser 的基因组序列文件索引格式，可以在 http://hgdownload.soe.ucsc.edu...
2023.12.12【基因组】|bedtools与gffread序列提取比较
12-12 2738
最近在优化基因组组装流程，其中在组装完成后需要提取cds这一步。我同时试了bedtools和gffread这两个工具，得到了两个fa文件，做了一下对比，感觉还是有些差异，这里记录一下。
通过bed文件获取基因序列（fasta）
纸上得来终觉浅，绝知此事要躬行！
10-12 6839
文章目录bedtools、getfastarefnote bedtools、getfasta ref bedtools getfasta doc note 安装： conda install bedtools 参考文件： 需要提前下载好fasta文件 最好有fai索引文件（bedtools也会自动生成） 语法： bedtools getfasta [OPTIONS] -fi <input FASTA> -bed <BED/GFF/VCF> 如： bedtools getfasta
如何使用bedtools、convert2bed、gff2bed提取基因序列
BioinfoDu
07-01 1890
我们的使用基因组注释文件gtf或gff文件从基因组fa文件中提取transcript的方式很多,相对用的比较多的是使用gffread软件。但是gffread软件，提取的序列一般都是transcript序列，若是，我们的想提取的gene序列，那么不能直接使用基因组gtf文件。本次，我们介绍其中的一种方法。使用提取gene全长序列。注意：这仅仅只是其中的一种方法而已。
基因家族进化分析之DNA序列批量获取
白在宣的博客
03-07 2683
使用方法参考: 基于全基因组的基因家族分析（3）：SlNRAMP家族基因CDS和Genomic DNA序列获取 Gene序列要获得的ID号不仅仅是seqid，而且还需要在染色体上的位置信息——起始和终止位置，以及染色体编号。这里就需要用到其他两个数据文件了，就是基因组序列（dna）和基因组注释文件（gff3）。思路——首先根据已经获得的ID号从gff文件中获取染色体位置信息，然后再用bedtools工具根据得到的染色体位置信息来获取基因的序列，最终得到基因集。 代码如下。 #!/bin/bash c=
从GTF到BED：利用bedtools精准划分基因组功能区域
最新发布
weixin_30455023的博客
05-14 556
本文详细介绍了如何利用bedtools工具将GTF格式的基因组注释文件转换为BED格式，并精准划分外显子、内含子和基因间区等基因组功能区域。通过具体命令示例和操作步骤，帮助生物信息学研究人员高效处理基因组数据，提升分析效率。
转录组分析实战：从GTF到基因序列的高效提取指南
sre5engineer的博客
02-15 900
本文详细介绍了转录组分析中从GTF文件高效提取基因序列的实战指南。通过解析GTF文件结构、使用gffread和bedtools工具，逐步演示了转录本、CDS、蛋白质序列及特定区域（如启动子）的提取方法，并提供了常见问题解决方案和进阶应用技巧，帮助研究人员提升基因序列提取的准确性和效率。
bedtools提取基因组Exon、Intron、Intergenetic、Promoter、Enhancer、CpG island、5’UTR、3’UTR、repeat基因坐标
m0_46336667的博客
12-15 1万+
这些基因中，那些编码蛋白质的序列被称为外显子，而那些没被表达的序列则被称为内含子。5'-UTR：5'-UTR是5'-非翻译区（5' Untranslated Region）的缩写，是成熟mRNA位于编码区上游不被翻译为蛋白质的区域。3'-UTR：3'-UTR是3'-非翻译区（3'-Untranslated Region）的缩写，是成熟mRNA位于编码区下游不被翻译为蛋白质的区域。1.4 起始密码子属于5’UTR+CDS中CDS区域，终止密码子不属于CDS+3’UTR中的CDS区域。3.按照染色体顺序排序。
基因组数据注释常用的文件-Bed文件和GFF文件
热门推荐
xcaryyz的博客
02-05 1万+
原文：http://blog.sina.com.cn/s/blog_80572f5d0102x5m7.html genomic features通常使用Browser Extensible Data (BED) 或者 General Feature Format (GFF)文件表示，用UCSC Genome Browser进行可视化比较。 Bed文件和GFF文件
利用Python解决生物问题-根据指定基因ID提取序列
qq_44520665的博客
07-07 4434
根据指定id提取序列信息
根据染色体的起始位置从gff3文件中提取基因名称
weixin_51421287的博客
03-05 2218
提取基因名称
提取文件出错_BED文件以及如何正确的从UCSC下载BED文件
weixin_36140403的博客
01-02 4633
在画chip-seq里最基础的两张图的时候，出现了报错，报错信息各种看不懂呀，去网上各种搜也没有解决。后来请教健明老师，困扰我两天的难题他一眼就看出来是我bed文件出现了问题，就是说我从UCSC下载的bed文件是不对的。我就拿这个我以为的bed文件去查看TSS附近信号强度，最后结果当然是各种报错。犯这么蠢的错，归其原因是我不了解bed文件格式。在做chipseq中下面这两张图的时候，用到...
基于GFF3文件提取基因的位置信息
沉香best的博客
02-16 957
GFF3文件是一种常用的基因组注释文件格式，用于描述生物基因组的结构和功能元素。GFF3是“General Feature Format Version 3”的缩写，它由一系列字段组成，每个字段描述基因组中的特定特征，如基因、转录本、外显子等。这些字段包括：序列名称、特征类型、起始位置、终止位置、分数、方向、相位、分组以及属性信息等。GFF3文件通常用于存储和交换生物信息学数据，在生物信息学研究中广泛应用于基因组注释、基因组比较和功能预测等领域。
Linux：bed文件制作，提取上下游150bp序列
caopei0111的博客
10-11 1369
bed文件，seqkit subseq，重命名
通过bed文件获取fasta序列
weixin_30687587的博客
07-18 1865
一、BED 文件格式 BED 文件格式提供了一种灵活的方式来定义的数据行，以用来描述注释的信息。BED行有3个必须的列和9个额外可选的列。 每行的数据格式要求一致。 必须包含的3列： 1.chrom, 染色体名字(e.g. chr3， chrY) 2.chromStart, 目标区段在染色体起始位置，染色体第一个碱基的位置是0 3.chro...
通过基因ID从GFF文件中获取基因位置
Cassiel60的博客
10-11 3569
如果对整个数据的查看，就会发现位置不是唯一性的，里面很多同一个位置对应好几个MIM number或者好几个Entrez Gene ID，可能是这个位置太长了，里面对应的基因太多，所以如果我们简单的进行位置转化，在注释的时候，根据位置匹配，就会出现多个基因，最好的是根据OMIM数据库给的提示操作，把对应的位置范围缩小，才能更精准）由于OMIM上的位置是参考基因组GRch38，所以在进行hg19版本的annovar注释时，需要转化为hg19的，根据OMIM数据库上的提示，我们可以从gff文件中获取对应的位置。
根据bed文件从fasta文件中获取基因序列
weixin_30457551的博客
11-20 1467
第一次写博客，分享一个做的提取基因序列的程序，根据bed文件里的位置信息从基因组里提取序列 源码地址：https://github.com/Liuyuan2018/fastaTools/blob/master/pyGetFasta.py bed文件通常用来保存注释基因信息，BED文件必须的3列: chrom - 染色体号 chromStart - feature在染色体上起始位置（其实...
超详细BED文件教学：内容、生成、操作
tRNA的博客
12-31 4314
详细解释BED文件的内容，用法
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值