NGS 分析流程 （一）

NGS 分析流程 fastq —> bam

1、fastq 数据质控清洗

fastp调用示例如下（示例）：

tumor_fq1=$1
tumor_fq2=$2
tumor_fastq_r1=$3
tumor_fastq_r2=$4
task_cpus=$5


fastp -i ${tumor_fq1} -I ${tumor_fq2}  \
-o ${tumor_fastq_r1} -O ${tumor_fastq_r2} \
-j ${tumor_fastq_r1%/*}  -h ${tumor_fastq_r1%/*} \
-w ${task_cpus} --trim_poly_g

fastp 详细参数介绍：
链接: http://github.com/OpenGene/fastp

2、fastq 数据比对到 bam

fastp调用示例如下（示例）：

trimmed_fastq