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蛋白质序列分析：工具、算法与氨基酸特性
1. 序列比对基础
序列比对是生物信息学中一项关键技术，用于评估两条或多条生物序列（如 DNA 或蛋白质序列）之间的相似性。通过比对，可以发现序列中的保守区域、推断序列的进化关系以及预测蛋白质的结构和功能。
1.1 序列比对示例
以下是两个典型蛋白质序列的比对示例，展示了不同比对方式及其得分情况：
| 比对方式 | Seq A | Seq B | 得分 | 总分 |
| ---- | ---- | ---- | ---- | ---- |
| 比对 1 | V - E I T G E I S T | P R E - T E R I - T | 0 -1 1 -1 1 0 0 1 -1 1 | 1 |
| 比对 2 | V E I T G E I S T | P R E T - E R I T | 0 0 0 1 -1 1 0 0 1 | 2 |
| 比对 3 | - V E I T G E - I S T | P R E - T - E R I - T | -1 0 1 -1 1 -1 1 -1 1 -1 1 | 0 |
在这个示例中，相同残基（用方框表示）得分为 1，不同残基得分为 0，空位得分为 -1。
1.2 序列比对得分规则
- 相同残基 ：当两个序列在对应位置上的残基相同时，得分为 1。
- 不同残基 ：当两个序列在对应位置上的残基不同时，得分为 0。
- 空位
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