Dockerfile: 安装 R 包的方法(包含安装 Github 和 Bioconductor 包) + 安装失败后报错退出 / 判断是否成功安装 R 包

前提

若使用传统方法

RUN R -e "install.packages('包')"

来安装R包,安装失败后不会有任何提示且继续进行下一步,执行镜像后出现报错不太友好。


方法

安装后不退出(无法判断是否安装成功)

普通包

  1. 添加指定镜像
RUN R -e "install.packages('包'), repos='http://cran.rstudio.com/'"   #官方源
RUN R -e "install.packages('包'), repos='https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/'"   #清华源

若要安装多个R包install.packages(c('包','包'))

  1. 使用Rscript安装
RUN Rscript -e "install.packages('包')"
  1. 使用install2.r安装
    使用该方法要在最开始指定FROM
    rocker-orgr-verr-studiotidyverseshinyshiny-verse镜像都行
FROM rocker/tidyverse:latest
RUN install2.r 包

若要安装多个R包
① 包 包 #中间以空格作为分隔符

\\

Github包

  1. 使用devtools安装
  2. <
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