蛋白质结构域示意图绘制软件 —— DOG 1.0

基于 attention 的蛋白质熔点预测算法研究

蛋白功能结构域预测、分析、蛋白结构域功能分析注释

结构生物化学笔记

α-螺旋是蛋白质的一条多肽链或者多肽链的一个部分以假想的一个主轴为中心，以右手螺旋的方式形成的螺旋，此螺旋每隔3.6个氨基酸残基，就上升一圈，一圈的高度是0.54nm，形成螺旋的所有氨基酸残基的侧链基团都伸向这个螺旋的外侧。异亮氨酸：侧链的分支很大，就不容易形成α-螺旋；以横坐标为Φ的角度，纵坐标为ψ的角度，得到图画中不同颜色标注的部分，颜色最深的部分就认为是空间结构稳定的一种构象，颜色稍微淡一点的被认为可以形成这样的二面角（不稳定），通过此图可以确定多肽链中所有二面角的可能性，进而得到它的稳定空间结构。

gggenes是一款基于ggplot2开发的R包，可以很方便的画出下图所示的基因结构图。1.安装R包直接从CRAN官方源来安装：install.packages("gggenes")或者从github下载安装：devtools::install_github("wilkox/gggenes")2. 准备输入数据官方给的例子如下：> head(example_genes)molecule ge...

蛋白质是生命现象的最基本物质基础。它在生物体内的存在形式和作用是多样化的，有的是生物体的结构物质，有的是功能物质；动物的肌肉和结缔组织、促进体内化学反应的酶、调节生理的肽类激素、运输氧或其他离子(或物质)的载体(如运输氧的血红蛋白和运输钙离子的载体等)、抵抗病菌的抗体，以及危害生物的病毒等,其本身有的是蛋白质，有的是蛋白质的结合体。根据近代比较生物化学和古生物化学的研究结果，...

蛋白质二级结构预测

vue3项目根据kabat规则，纯前端解析蛋白质序列ps: 只解析了一个示例蛋白质，公司最后决定还是由后端去处理，前端调接口就行，写了半天，感觉怪可惜的，分享出来有谁感兴趣可以看一看描述：将下面的QVQLQQSGGGLVQPGGSLKISCSASGFTFRSYGMHWVRQAPVKGLEHVATISAKGESSFY。

本文详细介绍了如何通过本地rpsblast批量分析蛋白Domain，解决网页工具卡顿和效率低下的问题。从环境准备、CDD库下载与建库到批量分析实战，提供了完整的避坑指南和优化技巧，特别适合处理敏感数据或网络不稳定的研究场景。

本文主要描述如何用java来操作文件的一些例程其中包括：1.游览一个文件夹下的所有文件，稍加改动就可以变成是对多所有文件的删除2. 显示C:/windows目录下.exe文件  1.游览一个文件夹下的所有文件，稍加改动就可以变成是对多所有文件的删除//游览一个文件下的所有文件import java.io.File;public class TestFile{

蛋白质组学(proteomics)采用高通量和大规模的研究手段，从整体的角度分析细胞内动态变化的蛋白质组成成份、表达水平与修饰状态，了解蛋白质之间的相互作用与联系，揭示蛋白质功能与细胞生命活动规律，最终达到构建出细胞的“功能图”的目的。结核分枝杆菌效应蛋白 PtpA 的作用机理蛋白质作为生命活动的物质承担者、生理功能的执行者和生命现象的直接体现者，研究蛋白质对阐明生命体的变化机制具有重要...

欢迎关注”生信修炼手册”!SMART是蛋白结构域的数据库，该数据库最新版本为v8,收录了1300多个蛋白结构域信息，覆盖了来自uniprot, ensembl等多个数据库的蛋白。官网如下...

中文名称： 结构域 英文名称： domain;structural domain;motif 其他名称： 模体,基序 定义1： 多肽链内一段类似球形的折叠区。多数结构域具有一定的一级结构和相应功能。 定义2： 蛋白质或核酸分子中含有的、与特定功能相关的一些连续的或不连续的氨基酸或核苷酸残基。 定义3： 蛋白质多肽链中可被特定分子识别和具有特定功能的三级结构元件。...

该研究首次在染色体水平解析了貉的基因组特征，揭示了其生态入侵的分子机制，为入侵物种防控提供了靶点。

众多不同的数据库所采用的对 Gene 和 Protein 编号的 ID 也是不同的, 所以在使用不同数据库数据的时候需要进行 ID 转换. 常用数据库 ID ID 示例ID 来源 ENSG00000116717 Ensemble ID GA45A_HUMAN UniProtKB/Swiss-Prot, entry name A5P...

AI论文精粹

文章目录本文框架1. BERT定义2. BERT实现2.1 BERT输入2.1.1 Token Embeddings（input_ids）2.1.2. Segment Embeddings（token_type_ids）2.1.3 Position Embeddings（attention_mask）2.2 预训练2.2.1 获取序列的embeddings2.2.2 利用Transformer对序列进行编码3.我的做法4. 结果5. 下一步打算 本文框架 1. BERT定义 BERT全称Bidirecti