R语言作图——Beeswarm plot(蜜蜂图)

本文介绍了如何使用R语言来制作Nature Biotechnology文章中出现的Beeswarm图。从数据准备、读取到调用绘图包,再到详细步骤如调整点分布、颜色、坐标轴以及形状的说明,一步步教你完成高清图表的导出。

原创:黄小仙

今天…
当小仙又打下"今天"这两个字的时候,小时候每天一篇日记的恐惧好像又回来了,过去这么久,我的文学功底果然没有一点长进!

今天给大家分享的图来自于Nature Biotechnology上的一篇文章。
Nature系列的文章就不用多说了,无数科研人心中的神刊,一篇Nature文章需要耗费大量的心血和经费。不过小仙想提醒大家一下,当你中了Nature,除了高兴之外还要留意一下,文章发表还要再花一笔巨款。如果选择OA发表,版面费是€9500,换成人民币要66880元,不得不说这是个很吉利的数字啊,哈哈。有意思的是,Nature官方也给了解释,为什么他们的版面费会比一般的期刊贵这么多,大概就是他们收到的稿件太多,拒稿花费了大量的精力。小仙只有一个评价,暴利且傲娇。希望有一天咱们国内也能有个这样的期刊。

回归正题,要模仿的图如下:

Step1. 绘图数据的准备
首先还是要把你想要绘图的数据调整成R语言可以识别的格式, 在excel中保存成csv格式。
数据的格式如下图:

Step2. 绘图数据的读取

data <- read.csv(“your file path”, header = T) 

Step3.绘图所需package的调用

library(reshape2)
library(ggplot2)
library(ggbeeswarm)  ## 调用之前先安装install.packages("ggbeeswarm")
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