【生信分析】clusterProfiler: universal enrichment tool for functional and comparative study（1）

最新推荐文章于 2026-06-06 16:56:20 发布
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本文介绍了ClusterProfiler包在功能和比较研究中的应用，特别是基因集富集分析（GSEA）和过度表征分析（ORA）。内容涵盖了基因集和通路的基本概念，如GO和KEGG，以及如何进行WikiPathways和MSigDb分析。此外，还讨论了前沿分析和核心富集基因的重要性。

clusterProfiler: universal enrichment tool for functional and comparative study

ClusterProfiler: 用于功能和比较研究的通用富集工具

总览

clusterProfiler overview

1. 引言

1.1 术语

1.1.1 基因集和通路

一个基因集(Gene set)是一组功能相关的无固定顺序的基因的集合。通过忽略基因之间的功能关系，一个通路(Pathway)可以被解释为基因集。

1.1.2 基因同源（GO）

[Gene Ontology](http://www.geneontology.org/)定义用于描述基因功能的概念/类，以及这些概念之间的关系。它从三个方面对功能进行分类：

  • MF：分子功能: 基因产物的分子活动
  • CC: 细胞组分：基因产物活跃的地方
  • BP：生物过程：通路和更大过程组成的多种基因产物的生物活动

GO 术语被组织在一个有向无环图中，其中术语之间的边代表父子关系。

1.1.3 京都基因与基因组百科全书（KEG
标签
#clusterProfiler #GSEA #ORA #MSigDb #CellMarker
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2025.06.24【R语言】|clusterProfiler：R语言功能富集工具安装与使用说明
06-24 3346
clusterProfiler 是R/Bioconductor生态中最流行的功能富集分析包之一，由于其强大的兼容性、丰富的可视化和灵活的接口，广泛应用于转录组、蛋白组、表观组等多组学数据的生物学意义挖掘。
生信小白也能懂：用clusterProfiler做GO/KEGG富集分析，从数据准备到出图一篇搞定
最新发布
weixin_34072296的博客
06-06 254
本文详细介绍了如何使用clusterProfiler进行GO/KEGG富集分析，适合生信新手快速掌握从数据准备到结果可视化的全流程。通过R包操作指南和实战技巧，帮助读者轻松完成基因功能注释和通路分析，提升科研效率。
clusterProfiler功能富集分析和通路富集分析
Mrrunsen的博客
08-05 1962
它提供了一种方便的方式来对基因集（如差异表达基因、共表达模块等）进行功能和通路富集分析，从而帮助研究者更好地理解基因集在生物学过程中的功能和调控机制。例如，您可以尝试使用其他数据库进行富集分析，调整参数以获得更丰富的结果，并将结果进行更详细的可视化展示。如果您对特定分析或数据有进一步的问题，或者需要更详细的教程，请告诉我，我会尽力帮助您。：首先，导入您的基因集和相应的基因注释数据，通常是Ensembl或其他数据库的基因ID和注释信息。：最后，对富集分析的结果进行解释和可视化，以获得对生物学过程的理解。
【R-clusterProfiler包安装经验】
^_^
01-05 9546
前言 这几天打算开始学习一下富集分析，发现这个R中的包：clusterProfiler，遂打算下载安装，开始学习。关于安装的经验也记录一下，以后可能用得上，也可以给需要的人提供下参考。 1.下载安装方法 首先，这个包不能够通过常规的install.packages()安装，需要通过Bioconductor，这个是很多生物分析相关的包的管理器，我暂时还不是很懂，也不好瞎介绍。 在官网就有下载的介绍： Bioconductor-packages-clusterProfiler 也有很多关于这个包的介绍。 if
【生信分析】clusterProfiler: universal enrichment tool for functional and comparative study（3）
小哲的博客
08-12 1791
clusterProfiler: universal enrichment tool for functional and comparative studyClusterProfiler: 用于功能和比较研究的通用富集工具7. MSigDb 分析8. Reactome通路分析9. MeSH富集分析10. 基因组协作的功能富集分析11. 生物主题对比11.1 compareCluster 的公式接口（Formula interface of compareCluster）11.2 数据谱比较的可视化（Vis
富集分析原理和clusterProfiler包进行GO、KEGG富集分析详细说明
Tian問的博客
10-03 3万+
概念： 基因富集分析是指对于给定一组基因根据基因组注释信息（GO、KEGG）对基因进行聚类分析，即给定的基因是不是GO中的一个功能（或KEGG中的一个通路）。 基因的功能富集的目的说明给定的基因集对哪些功能的影响有针对性的，不是随机影响的。 原理： 基因富集分析是通过研究给定的基因集在功能节点上是否过出现来得到关注的基因集显著注释的功能节点。通常利用超几何分布等方法计算给定基因集在某个功能（或通路）上的P值，判断给定的基因集在功能（或通路）的基因数目超过了随机的期望，是一个小概率事件。 变
R包clusterProfiler如何安装成功
邓飞----育种数据分析之放飞自我
10-26 2万+
里面有些坑，写篇博客介绍一下。R包是生物信息分析汇总，基因富集分析可视化经常用到的R包，但是安装时，新手经常会遇到一些问题，这里简单总结一下。
【生信分析】clusterProfiler: universal enrichment tool for functional and comparative study（4）
小哲的博客
08-13 2255
clusterProfiler: universal enrichment tool for functional and comparative studyClusterProfiler: 用于功能和比较研究的通用富集工具12. 功能丰富结果的可视化12.1 条形图（Bar Plot）12.2 点图（Dot plot）12.3 基因概念网络（Gene-Concept Network）12.4 类似热图的功能分类（Heatmap-like functional classification）12.5 富集图
【生信分析】clusterProfiler: universal enrichment tool for functional and comparative study（2）
小哲的博客
08-12 1333
clusterProfiler: universal enrichment tool for functional and comparative studyClusterProfiler: 用于功能和比较研究的通用富集工具4. 疾病分析（Disease analysis）4.1 enrichDO函数4.2 enrichNCG函数4.3 enrichDGN和enrichDGNv函数4.4 gseDO函数4.5 gseNCG函数4.6 gseDGN函数参考资料5. 基因同源分析（Gene Ontology A
富集分析--R包--clusterProfiler下载安装与报错分析解决
Tian問的博客
09-26 2万+
生信分析中富集分析是必不可少的，最常见是调用clusterProfiler包进行分析。clusterProfiler包功能也比较强大，主要是做GO和KEGG的功能富集及其可视化。 但clusterProfiler包依赖的包很多，不仅安装过程复杂、耗时长，而且经常出现各种各样的错误。对于生信小白来说，错误很难解决。本文总结常见的报错。 clusterProfiler包的安装： R version 3.6以上版本： if (!requir...
R 实战 | 使用clusterProfiler进行多组基因富集分析
weixin_45822007的博客
11-08 1万+
R 实战 | 使用clusterProfiler进行多组基因富集分析clusterProfiler这个包我就不再介绍了，网上关于用这个包做的基础的富集分析的教程已经非常多了，今天主要介绍一...
使用`clusterProfiler`：生物信息学中的高效集群分析工具
gitblog_00027的博客
04-11 1162
使用clusterProfiler：生物信息学中的高效集群分析工具 项目简介 是一个开源R包，主要用于高通量数据集（如基因表达数据）的生物通路和功能富集分析。项目由南京大学的Yu Lab团队开发并维护，旨在简化和标准化复杂的生物信息学工作流程，使研究人员能够更方便地理解和解释大规模实验数据。 技术分析 clusterProfiler的核心是其模块化的结构，它提供了以下关键功能： 通路富集分析：...
R: clusterProfiler/enrichplot 富集分析与可视化神器
泉亚雪狐的博客
10-25 3万+
使用R包clusterProfiler 进行富集分析与可视化 clusterProfiler官方网址： http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/clusterProfiler.html ID 转换功能 函数：bitr;bitr_kegg 功能：实现GeneSymbol, GeneID, Ensembl,UniprotID, nc...
clusterprofiler 包 安装 注意
weixin_40408680的博客
05-10 1万+
clusterprofiler包 安装注意事项 注意事项总结： 1、重装R。把目录不要设在Program File，不要有空格，不要有中文。 2、镜像选择 chooseBioCmirror() chooseCRANmirror() options(BioC_mirror=“https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor”) 3、有些依赖包手动下载...
R语言中的clusterProfiler功能：富集分析和通路富集分析
TechCraze的博客
08-28 1919
clusterProfiler包提供了一系列函数和工具，用于从高通量实验数据中鉴定基因集合的富集情况，并提供了可视化工具帮助解释和展示结果。通过使用clusterProfiler包，我们可以方便地进行基因集合的富集分析和通路富集分析，并得到直观的结果展示。在R语言中，clusterProfiler是一个强大的包，提供了丰富的功能用于进行富集分析和通路富集分析。函数进行基因的富集分析，并指定了使用的数据库、基因ID类型、富集分析的本体以及统计显著性的调整方法和阈值。函数对富集分析结果进行可视化展示。
clusterProfiler包学习
hx2024的博客
11-17 756
【代码】clusterProfiler包学习。
使用clusterProfiler进行GO富集分析
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庐州月光的博客
11-05 6万+
欢迎关注微信公众号《生信修炼手册》! clusterProfiler是一个功能强大的R包，同时支持GO和KEGG的富集分析，而且可视化功能非常的优秀，本章主要介绍利用这个R包来进行Gene Ontology的富集分析。 进行GO分析时，需要考虑的一个基础因素就是基因的GO注释信息从何处获取。Bioconductor上提供了以下19个物种的Org类型的包，包含了这些物种的GO注释信息 pac...
R语言安装clusterProfiler
2301_82025136的博客
02-24 1864
解决安装报错，手把手教学。
clusterProfiler安装
weixin_60876573的博客
02-10 3226
if (!require("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install(version = "3.14") BiocManager::install("clusterProfiler")
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