读文献先读图：UpSet图怎么看？

定义

UpSet图是一种多集合交叉关系可视化工具，通过「点阵图+柱状图」的组合，直观展示多组数据的共有元素数量、分布规律及特征关联性，常用于展现基因组学，转录组学，蛋白质组学、疾病等数据集合之间的交集关系。

怎么看？

1.下方的点阵图

①每行代表一个疾病（如图中的抑郁症、慢性肾病、糖尿病、高血压）。

每列代表一个疾病集合（这些疾病同时出现的情况）。

圆点表示该集合中包含的疾病。

2.上方的柱状图：

②Y轴： 代表了交集中同时患这些疾病的样本数

③柱状体：柱子代表该集合大小（与下方的点阵图纵向对应）。柱子越高，代表该集合越大（患者越多）

3.左下角的边柱状图：

④X轴：代表至少患有一种疾病的人数（比如所有抑郁症患者的总数，无论他们是否还有其他疾病）。

⑤Y轴： 对应点阵图中的每一行（即每一个单独的疾病）。

柱状体：柱子的长度代表该疾病的患者数量，柱子越长，表示患有该疾病的患者总数越大。

用途

相比于韦恩图，UPSET图可以更精确地展示多个集合复杂交集关系（3个以上集合），可以用来展示基因/蛋白在不同功能通路或疾病中的重叠，也可用于临床共病研究

代码

# 代码来源：https://www.r2omics.cn/
# 加载R包，没有安装请先安装  install.packages("包名") 
library(UpSetR)         

# 读取数据文件
upset_dat <- read.delim('https://www.r2omics.cn/res/demodata/venn.txt') # 这里读取了网络上的demo数据，将此处换成你自己电脑里的文件
upset_list <- list(upset_dat[,1], upset_dat[,2], upset_dat[,3], upset_dat[,4], upset_dat[,5], upset_dat[,6], upset_dat[,7])   # 制作Upset图搜所需要的列表文件
names(upset_list) <- colnames(upset_dat[1:7])    # 把列名赋值给列表的key值
upset_list<- purrr::map(upset_list, na.omit)     # 删除列表中每个向量中的NA
upset_list<- purrr::map(upset_list, function(x){x[x!=""]}) # 删除列表中每个向量中的""

#作图
upset(fromList(upset_list),  # fromList一个函数，用于将列表转换为与UpSetR兼容的数据形式。
      nsets = 100,           # 绘制的最大集合个数
      nintersects = 40,      #绘制的最大交集个数，NA则全部绘制
      order.by = "freq",     # 矩阵中的交点是如何排列的。 "freq"根据交集个数排序，"degree"根据
      keep.order = F,        # 保持设置与使用sets参数输入的顺序一致。默认值是FALSE，它根据集合的大小排序。
      mb.ratio = c(0.6,0.4), # 左侧和上方条形图的比例关系
      text.scale = 1         # 文字标签的大小
)