武汉大学朱玉贤院士团队再发Nature Genetics，阐述棉花独特折叠胚胎形成的分子调控与演化机制

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植物种子及其周围结构提供的营养维持了人类文明的延续与发展。植物种子胚胎是营养的储存器，展现出丰富的结构多样性，反映了植物在进化过程中对环境适应的独特策略。1946年，早期植物学家A. C. Martin根据种子胚胎大小和形态特征，将植物种子胚胎划分为10种类型 (Martin, 1946)，其中被子植物的胚胎通常表现为叶轴型（Foliate axile types, FA），包含了四种基本类型，即Spatulate（FA1）、Bent（FA2）、Folding（FA3）和Investing（FA4）。

棉花（锦葵科植物）作为全球最重要的经济作物之一，具有复杂折叠的叶轴型胚胎，一般情况下，其子叶通过多层折叠完全包裹胚轴和胚根。与锦葵科近缘物种木槿相比，棉花显然经历了种子胚胎形态革新，从简单折叠胚（FA3）演变成复杂折叠胚类型（complex FA3），这种复杂折叠胚胎被认为是被子植物中发育最完全、最复杂胚胎类型（图1）。胚胎复杂折叠不仅能够保护胚根和胚轴，而且种子变大，能在有限种子空间内包裹最多的子叶从而提升储存营养资源的容量。同时，这一结构还与种子萌发、休眠及对环境的适应性密切相关 (Fryxell, 1978)。然而，棉花复杂折叠胚胎的发育过程及其背后的分子机制尚未被研究。

自朱玉贤院士团队与合作者在2012年首次公布雷蒙德氏棉基因组以来，棉花基因组学取得了一系列重要进展，推动了功能基因组学研究以及棉花复杂性状的解析 (Du et al., 2018; Huang et al., 2021; Huang et al., 2020; Wang et al., 2012)。然而，棉花基因组的准确与完整解析，尤其是复杂的转座子序列及其生物学功能，尚需深入研究与探讨。

图1 棉花通过种子胚胎形态革新产生复杂折叠胚胎

2024年8月15日，武汉大学/北京大学教授朱玉贤，北京大学博士后黄盖（现为中国科学院遗传与发育生物学研究所副研究员）为主要作者在国际知名期刊Nature Genetics发表题为A telomere-to-telomere cotton genome assembly reveals centromere evolution and a Mutator transposon-linked module regulating embryo development的研究论文。该研究通过解析首个端粒到端粒的雷蒙德氏棉（Gossypium raimondii，四倍体棉的祖先种）基因组完整序列图谱，揭示了其独特的着丝粒结构类型及表观图谱。通过深入挖掘功能性转座子，发现由三个新分子（miR2947-DNA转座子MuTC01-加倍基因LEC2b）组成的三级小RNA调控机制，从而阐明了棉花复杂折叠胚胎形成的分子调控与演化机制 (Huang et al., 2024)。