大数据（线性/非线性）降维方法（PCA，LDA，MDS，ISOMAP，LLE）

数据块划分

对于给定的数据集Magic（19020个样本，10个属性）,我们首先将其划分为RSP数据块，然后再分别对他们进行特征提取，比较它们的特征提取结果的概率分布的相似情况

不懂RSP数据块的可以看我的这篇

我们首先先将数据划分为K个HDFS数据块（K=20）

HDFS: [块数: 20 块内元素个数: 950 数据块维度: 11]

import os
import pandas as pd
import numpy as np
import seaborn as sns
import matplotlib.pyplot as plt
import warnings
warnings.filterwarnings('ignore')

# 导入数据
data=np.loadtxt('../Magic.txt')
data=data[:19000,:]# 修整一下数据
X=data[:,:-1]
y=data[:,-1]
print('y: ',set(y))

'''
先按HDFS数据块划分，再划分为RSP数据块
'''
K=20 # HDFS数据块个数
M=25 # RSP数据块个数
# 按顺序切分为k份
HDFS=np.array(np.split(data,K))
for i in range(HDFS.shape[0]):
    np.random.shuffle(HDFS[i])
HDFS_list=[np.split(D_k,M) for D_k in HDFS]
print('HDFS: [块数: {0} 块内元素个数: {1} 数据块维度: {2}]'.format(
    HDFS.shape[0],HDFS.shape[1],HDFS.shape[2]))

然后，再根据HDFS数据块划分为RSP数据块

RSP: [块数: 25块内元素个数: 760 数据块维度:11]

# 划分RSP
RSP=[[D_K[m] for D_K in HDFS_list] for m in range(M)]
for idx,RSP_ in enumerate(RSP):
    tmp_RSP=RSP_[0]
    for i in range(1,len(RSP_)):
        tmp_RSP=np.vstack((tmp_RSP,RSP_[i]))
    RSP[idx]=tmp_RSP
RSP=np.array(RSP)
print('RSP: [块数: {0} 块内元素个数: {1} 数据块维度: {2}]'.format(
    RSP.shape[0],RSP.shape[1],RSP.shape[2]))

特征分布

我们对数据整体和RSP数据子块的10个特征进行分布可视化

整体

plt.style.use('seaborn')

fig, axes = plt.subplots(ncols=2, nrows=5,figsize=[15,20])
for i, ax in zip(range(10), axes.flat):
    # ax.set_title('fea'+str(i))
    ax.set_xlabel('values')
    ax.set_ylabel('nums')
    sns.distplot(data[:,i],
        hist=True,kde=True, ax=ax,color='royalblue')
plt.show()

RSP

对比

通过对比整体与RSP的特征分布，我们可以发现两者的分布差异不大
至此，我们便完成了RSP数据块的划分，接下来对数据整体和RSP数据子块进行特征提取

特征提取

PCA

PCA是较为基础的线性降维方法，通过svd得到特征之间协方差矩阵的特征向量，从中选择特征值最大的前k个特征向量作为主成分

我们观察在不同的特征提取个数下，各个主成分的方差占总体的比例（即降维所保留的信息占总体信息量的比例）

'''观察不同维度的方差之和'''
from sklearn.decomposition import PCA

X=data[:,:-1]
pca=PCA( )
pca.fit(X)
ratio=pca.explained_variance_ratio_ # 降维后各成分的方差占比 
print("pca.components_: ",pca.components_.shape)
print("pca_var_ratio: ",pca.explained_variance_ratio_.shape)
#绘制图形
plt.plot(range(X.shape[1]),[np.sum(ratio[:i+1]) for i in range(X.shape[1])])
plt.xlabel('nums of component')
plt.ylabel('sum of var ratio')
plt.xticks(np.arange(X.shape[1