使用 AnnotationDbi 转换 R 中的基因名称

最新推荐文章于 2026-04-22 11:06:48 发布
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本文介绍如何利用R和AnnotationDbi包，结合org.Hs.eg.db，将基因登录号或ID转换为基因符号。通过示例展示了如何处理基因表达矩阵，并提供了一个通用函数，方便在不同ID类型间转换。

在 R 和几个 R/Bioconductor 包中，有许多方法可以将基因登录号或 id 转换为基因符号或其他类型的 id，以促进这一过程，包括AnnotationDbi、annotate和biomaRt 包。在这篇文章中，我们将学习如何使用AnnotationDbi和 org.Hs.eg.db 包转换基因 ID。您可能会修改此代码以与其他物种一起使用，例如带有 org.Mm.eg.db包的老鼠。

例如，假设我们有一个存储在 M1 中的基因表达矩阵，该矩阵是从您从 GEO 下载的 eset 对象创建的。我将在本例中使用的研究是 白血病干细胞表达特征与急性髓性白血病的临床结果相关，该研究以登录号GSE24006 保存在 GEO 上 。要查看有关如何生成表达式集 (eset) 对象的脚本，请参阅帖子 –从 GEO 检索基因表达数据对象和矩阵。

# Convert you eset object to a matrix with the exprs() function
library
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如何下载关于人类或者其它物种的全部转录本名称（NM_）
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