如何在 R 中计算 Bray-Curtis 相异度

Bray-Curtis Dissimilarity是一种衡量两个不同站点之间差异的方法。

它经常在生态学和生物学中用于量化两个地点在这些地点发现的物种的不同之处。

计算如下：

BC ij = 1 – (2*C ij ) / (S i + S j )

在哪里：

C ij：在每个站点中发现的物种的较小值的总和。
S i :在站点i计数的样本总数
S j :在站点j计数的样本总数
Bray-Curtis 相异度始终介于 0 和 1 之间，其中：

0表示两个站点的相异性为零。换句话说，它们共享的每种物种的数量完全相同。
1表示两个站点完全不同。换句话说，它们不共享同一类型的物种。
例如，假设一位植物学家出去计算两个不同地点的五种不同植物物种（A、B、C、D 和 E）的数量。

使用这些数据，她可以将 Bray-Curtis 相异度计算为：

将这些数字代入 Bray-Curtis 相异度公式，我们得到：

BC ij = 1 – (2C ij ) / (S i + S j )
BC ij = 1 – (215) / (21 + 24)
BC i