使用VTK和Python进行体绘制Volume Rendering

Introduction

科学可视化技术是运用计算机图形学、图像处理、计算机视觉等方法，将科学、工程学、医学等计算、测量过程中的符号、数字信息转换为直观的图形图像，并在屏幕上显示的理论、技术和方法。

体绘制是科学可视化领域中的一个技术方向。如前所述，体绘制的目标是在一副图片上展示空间体细节。举例而言，你面前有一间房子，房子中有家具、家电，站在房子外面只能看到外部形状，无法观察到房子的布局或者房子中的物体；假设房子和房子中的物体都是半透明的，这样你就可以同时查看到所有的细节。这就是体绘制所要达到的效果。

体绘制基本流程如下图

完成本文的体绘制工作，首先要下载大脑图像数据集，大脑图像数据集下载。使用jupyter notebook进行python代码编写和运行。

Volume Rendering

下面将从在数据集中加载和转换标签字段开始，以使其与将使用的 volume 映射类兼容。然后定义颜色和不透明度传递函数，这是整个 volume 渲染过程中最重要的部分，因为这些函数定义了最终渲染的外观。定义了这些之后，将演示使用 VTK 提供的一些不同 volume 映射类的体绘制，并展示它们的结果。

1. Imports

import os
import numpy
import vtk

其中 vtk 在 Jupyter Notebook 中使用 pip 安装即可

2. Helper-functions

下面定义几个帮助函数：

（1）vtk_show（）
这个函数允许传递一个 vtkRenderer 对象并获得该渲染的 PNG 图像输出，与 IPython Notebook 单元格输出兼容。

from IPython.display import Image
def vtk_show(renderer, width=400, height=300):
    """
    Takes vtkRenderer instance and returns an IPython Image with the rendering.
    """
    renderWindow = vtk.vtkRenderWindow()
    renderWindow.SetOffScreenRendering(1)
    renderWindow.AddRenderer(renderer)
    renderWindow.SetSize(width, height)
    renderWindow.Render()
     
    windowToImageFilter = vtk.vtkWindowToImageFilter()
    windowToImageFilter.SetInput(renderWindow)
    windowToImageFilter.Update()
     
    writer = vtk.vtkPNGWriter()
    writer.SetWriteToMemory(1)
    writer.SetInputConnection(windowToImageFilter.GetOutputPort())
    writer.Write()
    data = str(buffer(writer.GetResult()))
    
    return Image(data)

（2）createDummyRenderer（）
这个函数只是创建一个vtkRenderer对象，设置一些基本属性，并为本文的渲染目的配置相机。由于我们将渲染几个不同的场景，所以为每个案例创建一个新的渲染器和场景比一直移除或添加 actor 更简单，从而使每个渲染独立于其之前的渲染。

def createDummyRenderer():
    renderer = vtk.vtkRenderer()
    renderer.SetBackground(1.0, 1.0, 1.0</