易基因血浆cfDNA染色质免疫共沉淀测序(cfChIP-seq)

cfDNA（cell-free DNA）是细胞外游离DNA，主要来源于细胞凋亡、坏死以及正常细胞代谢过程中的DNA释放。通过检测 cfDNA 上的组蛋白修饰可以提供关于细胞起源、基因表达程序、病理状态和分子异质性等重要信息。cfDNA 染色质免疫沉淀测序 (cfChIP-seq)利用血浆cfDNA片段组学特征分析血浆组蛋白修饰水平；微量建库，只需痕量免疫沉淀后的DNA即可测序分析；不同项目需求可选择不同组蛋白修饰特异性抗体。

技术原理

cfChIP-seq是一种通过捕获血浆中的游离核小体并进行测序的技术。其原理是利用特定的抗体对带有活性组蛋白修饰的游离核小体进行免疫沉淀，随后进行高通量测序，以揭示这些核小体的基因组分布和相关的表观遗传信息。[1]

技术路线示例

技术优势

样本需求：仅需1-2ml血浆，或极少量免疫沉淀后的DNA即可进行测序分析。

特异性高：cfChIP-seq通过特异性组蛋白修饰抗体精准鉴定和富集特定组蛋白修饰。

非侵入性：主要利用血浆cfDNA进行检测，是一种非侵入性技术。

应用场景示例

• 癌症诊断与预后：通过检测肿瘤特异性基因表达模式，辅助癌症早期诊断和预后评估。
• 器官移植监测：分析供体和受体的基因表达差异，评估移植器官的排斥反应。
• 肝脏疾病研究：识别肝病患者中肝细胞的转录变化，帮助理解疾病进展和治疗效果。
• 心血管疾病诊断：检测心肌细胞死亡后的基因表达变化，用于心肌梗死的早期诊断。
• 器官损伤检测：通过组蛋白修饰检测进行组织器官损伤监测，用于器官损伤早期诊断。
• 胎儿染色体异常检测：利用孕妇血浆中的胎儿游离DNA，进行非侵入性产前诊断。

分析图例：

送样要求

经典案例

（1）PNAS：cfChIP-seq利用cfDNA片段分析组蛋白修饰，揭示H3K27ac与cfDNA片段相关性[2]

期刊：PNAS    影响因子： IF 9.5    样本：血浆

此研究利用cfChIP-seq检测技术从18个健康对照样本中获得H3K27ac信号，并结合配对样本分析循环核小体的cfDNA片段大小模式和H3K27ac信号之间的相关性。随后构建线性回归模型，可根据cfDNA片段大小模式推断血浆中H3K27ac水平（H3K27ac相关信号）。分析发现H3K27ac相关信号与cfChIP-seq测定的H3K27ac相关信号一致。

不同H3K27ac信号水平的区域类别的cfDNA分子片段大小分布图

基于健康受试者cfChIP-seq绘制cfDNA片段大小分布（左）和末端基序（右）热图，涵盖富集H3K27ac/H3K4me3/共修饰区域

（2）Nat Med：仅1mL血浆绘制癌症综合表观基因组图谱，揭示15种癌症类型的临床信息[3]

期刊：Nature Medicine    影响因子： IF 52.5   样本：血浆

研究纳入来自多个临床队列、涵盖多种癌症类型的433名患有15种不同癌症类型个体的血浆样本，包括乳腺癌、肺癌、前列腺癌等。研究人员开发一种新的方法，通过免疫沉淀技术从患者1mL血浆中富集带有特定表观遗传标记的DNA片段。这些标记包括H3K4me3和H3K27ac/panH3ac等。通过这种方法，研究人员能够对基因表达调控进行全基因组评估。分析结果表明血浆cfChIP-seq通过表观基因组谱鉴定临床可操作的癌症表型。

诊断标志基因的归一化H3K4me3 cfChIP-seq信号，每行代表指定癌症患者或健康志愿者的血浆

DLL3 启动子区域的H3K4me3 cfChIP-seq 信号（左） 和ERBB2 启动子区域H3K4me3 cfChIP-seq 信号（右）

参考文献：

• Sadeh R, et al. ChIP-seq of plasma cell-free nucleosomes identifies gene expression programs of the cells of origin. Nat Biotechnol. 2021 May;39(5):586-598. doi: 10.1038/s41587-020-00775-6.
• Bai J, et al. Histone modifications of circulating nucleosomes are associated with changes in cell-free DNA fragmentation patterns. Proc Natl Acad Sci U S A. 2024 Oct 15;121(42):e2404058121. doi: 10.1073/pnas.2404058121.
• Baca, S.C., Seo, JH., Davidsohn, M.P. et al. Liquid biopsy epigenomic profiling for cancer subtyping. Nat Med 29, 2737–2741 (2023). doi: 10.1038/s41591-023-02605-z.